本文明确了加工贸易及其保税核查的相关概念以及特点，并从加工贸易对经济的重要性、海关进出口量不断扩大和监管关员日益紧缺的矛盾以及海关总署提出“大监管”体系建设三方面阐述了在我国开展加工贸易的时代背景和优化加工贸易保税核查的现实意义。为了更好的优化我国加工贸易保税核查方式，我们要运用风险理念来思考实际监管中发生的问题，运用风险的方法和手段对我国的加工贸易监管中发生的问题进行确定、分析、评估和处理，将风险管理和海关的实际监管工作相结合。正如二十世纪90年代初，美国、澳大利亚等一些发达国家海关，在制订和实施本国海关现代化发展战略时，将风险管理的理念、方法和技术引入海关领域，把海关风险管理作为推进本国海关现代化建设的一个重要手段。纵观美国、澳大利亚等国海关风险管理的实践，他们在强烈的风险管理意识、先进的风险管理方法技术、科学的风险管理制度安排以及合理的人力资源配置等方面值得我们参考和借鉴。通过对风险管理理论的学习和研究，并借鉴了美国、澳大利亚等国海关对海关风险管理的成功经验，结合我国现行保税核查的实际情况，提出以保税核查为主的，内外勤分离的保税核查的模式。重新整合了海关加工贸易监管部门和稽查部门的资源，以风险管理下的保税核查作为基本手段，对加工贸易企业进行监管。加工贸易监管部门作为内勤部门，主要从事加工贸易手册的备案、核销工作，类风险的收集、分析并下发核查指令的工作以及保税核查的后续处置工作。稽查部门作为外勤部门，主要从事深入企业，针对核查指令完成相应的保税核查任务，并将核查结果及时反馈给加工贸易监管部门。内外勤分离的保税核查制度试行至今，存在着相应的法律法规尚未完全配套、内外勤部门联系沟通不到位，核查指令和核查结果的明确性有待提高、外勤人员的业务能力有待进一步提高等方面的欠缺。在以后的监管工作中，我们必须在完善法律法规和联系办法、开展业务培训和队伍建设、加强内部控制和外部监督以及完善中介参与保税核查工作机制等方面加以完善。