作物连作会出现病虫害增多、产量降低、品质下降等现象,导致了农业可持续化发展的瓶颈----连作障碍。微生物是土壤生态系统的核心,是植物生态系统物质交换的主要媒介。微生物有机肥将适合的营养载体与抑病促生功能菌群共同发酵,施用后可调节作物根际土壤微生物群落多样性,营养载体能提高土壤肥力,减少化肥的施用,从而达到减轻土传病害,促生增产的目的,对农业的绿色转型跨越发展具有重要的现实意义。本研究以作物根际微生物群落作为研究对象,利用现代高通量测序技术,构建作物根际微生物群落宏基因组文库,研究不同种植年限下连作作物根际微生物群落的动态演替过程,探讨植物生长、病害发生与菌群变化间的互作关系;将根际微生物群落的时空变化与病害情况、土壤养分变化、作物品质产量构成因子等进行关联性分析,确定微生物群落中的功能种属,定向筛选有关菌株,研制微生物有机肥。主要结果研究如下:1.利用第二代MiSeq测序平台对2014-2016年连续3年种植西瓜的根际土壤细菌微生物群落多样性进行检测分析。结果表明,西瓜连作三年的根际土壤细菌群落结构有显著差异,细菌群落OTU数量和多样性指数与连作年限呈负相关。从分类学角度看,变形菌门与酸杆菌门的相对丰度随着连作年限的增加而逐渐升高,而厚壁菌门、放线菌门这些含有有益微生物的类群的相对丰度随着连作年限的增加而逐渐下降。2.随着种植年限的增加,西瓜的发病率和病情指数逐年上升而产量逐年下降,且不同年份间差异显著。将连作根际土壤细菌群落不同分类水平的菌群相对丰度与发病率、病情指数和产量进行相关性分析发现,从门水平上来说,厚壁菌门与放线菌门与发病率、病情指数呈显著负相关而与产量呈显著正相关,说明这两个类群的微生物有显著的促生抑病作用。进一步细分到属水平,芽孢杆菌属、链霉菌属与发病率、病情指数呈显著负相关而与产量呈显著正相关。将芽孢杆菌属和防线菌属确定为克服作物连作障碍的关键菌群。以这两个属的微生物为目标菌群,分离筛选具有促生抑病作用的功能菌株解淀粉芽孢杆菌JDF35。3.将解淀粉芽孢杆菌JDF35与已腐熟的牛粪和鸡粪(1:2,w/w)混合进行二次发酵,制成新型微生物有机肥。4.以西瓜和高粱两种作物分别进行了盆栽试验。相比于化肥和有机肥,新型微生物有机肥施用于西瓜和高粱两种作物均有显著的抑病效果。在连作西瓜和高粱的大田试验中,微生物有机肥的施用可有效抑制连作西瓜病害的发生,发病率和病情指数均为最低;而西瓜的产量最高,促生作用显著。连作高粱施用微生物有机肥后,仅在发病率这一指标上体现出差异,虽然其病情指数较低、产量较高,但并未体现出显著差异。