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本文以鸡VIPR-1基因作为就巢行为候选基因，分析该基因变异及其对家鸡就巢行为的遗传效应。
通过对16种动物VIPR-1基因的比较分析发现该基因在很多物种里都非常保守且变化比较小，提示VIPR-1基因对动物生物学功能有重要作用。通过对鸡VIPR-1基因不同部分的克隆测序，对其序列进行多态性分析发现红色原鸡π值为0.00669±0.00093，家鸡π值为0.00582±0.00026，家鸡的π值降低13.0％；选择性检验发现，家鸡的D<,T>、D<,FL>、F<,FL>均为负值，而红色原鸡为轻微的正值，均未达到显著水平，提示鸡VIPR-1基因在驯化改良过程中可能受到了人工选择。
对克隆测序得到的鸡VIPR-1基因的11136 bp序列进行筛查，共发现128个突变位点，包括109个SNP，19个其它的突变位点，有37个SNP形成了37个PCR-RFLP标记。在鸡VIPR-1基因中，大约平均每102个碱基出现一个SNP；在各个区域，5’调控区的多态性最丰富，平均83个碱基就出现一个SNP；其次是内含子区，平均93个碱基出现一个SNP。在鸡VIPR-1基因编码区发现3个SNP，其中1个非同义突变，导致翻译时氨基酸的改变。在5’-调控区的43个多态发生位点中，有9个多态位点引起转录因子结合位点的消失或改变。
选取鸡VIPR-1基因中20个位点利用PCR-RFLP方法分析了这些位点在红色原鸡、茶花鸡、杏花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、宁都三黄鸡、固始鸡、白耳黄鸡、隐性白洛克鸡和白莱航鸡这9个具有不同就巢表现品种的连锁不平衡模式和单倍型。结果表明在该基因区域内，仅红色原鸡、杏花鸡、宁都三黄鸡和白耳黄鸡这四个群体的连锁不平衡图谱显著地反映出r<2>值随传递距离逐步递减的规律，有效跨度分别为1912 bp、1123bp、1190 bp和31344 bp；对就巢性选择过的品种白耳黄鸡比未经选择的品种红色原鸡、杏花鸡和宁都三黄鸡的LD有效跨度大20～30倍，对就巢性高度选择的品种白莱航鸡中LD有效跨度还未形成，提示鸡VIPR-1基因在对就巢性驯化改良中受到了人工选择，是鸡就巢性的候选基因；红色原鸡、杏花鸡、宁都三黄鸡、白耳黄鸡和白莱航鸡这5个群体的样品比较适合寻找与就巢性相关的标记；单倍型分析表明外显子6～11这个27 kb区域中存在与就巢性相关的位点。选取红色原鸡、杏花鸡、宁都三黄鸡、白耳黄鸡和白莱航鸡这5个就巢性具有显著差异品种对这20个位点进行多样性分析，从基因和基因型频率的分布和变化趋势、群体遗传多样性和Fst变化趋势综合分析发现发现7个位点A-284G、A+457G、C+598T、D+198201、C+37454T、C+42913T和C+53327T可能与就巢性相关。
除了选取上述7个可能与就巢性有关的位点外还选取了4个与就巢性无关的位点作为标记位点，对644个宁都三黄鸡进行基因型检测以及标记与就巢性的关联分析。结果表明：位于内含子2的位点C+598T与不同基因型间就巢率差异呈显著差异(P<0.05)；位于内含子2的位点D+198201与就巢持续天数有一定的相关趋势(0.05
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