木瓜属（Chaenomeles）起源于我国，既是著名的观赏花木又是传统的中药材，在园林绿化和中药材、食品及化妆品生产中具有广泛的应用。木瓜属植物在我国约有三千多年的栽培历史。由于本属植物种间杂交容易，表型可塑性强，因此品种和类型十分丰富，这为园林应用提供了丰富的素材，但也造成了种质资源鉴别和品种分类的困难。本文在广泛收集全国木瓜属种质资源的基础上，利用SRAP分子标记技术对98份木瓜属种质进行了研究，对供试材料进行聚类分析，编制了木瓜属的分子检索表并进行了核心种质的初步构建，为品种分类及鉴定、杂交育种的亲本选择和种质资源保护等研究奠定了基础。主要研究结果如下：1.运用二次正交旋转组合设计得到木瓜属SRAP-PCR反应的最优体系，即Mg²⁺1.5mmol L^-1、dNTPs0.4mmol L^-1、引物0.379μmol L^-1、Taq DNA聚合酶2U、模板DNA67.15ng，总体积为25μl。各因素对PCR反应的影响大小依次为：Taq DNA聚合酶>Mg²⁺> dNTPs>模板DNA>引物。2.以SAS软件为基础，对PCR反应的5个因素进行了单因子效应分析和双因子交互效应分析，初步阐明了各因素之间的相互作用关系并总结出一定的规律，为PCR反应的优化提供借鉴。3.从157对SRAP引物中筛选出能稳定扩增的引物32对，并利用其中较优的17对引物对所有供试材料进行了扩增，共检测到525个多态性位点，多态位点百分数为100%，平均每对引物扩增出30.9个多态性位点；有效等位位点数（Ne）在1.0471¹.2274之间，平均值为1.1289；Nei’s遗传多样性指数（H）在0.0428⁰.1652之间，均值为0.1007；Shannon信息指数（I）在0.0986⁰.2863之间，均值为0.1911。4.98份供试材料之间的Nei遗传相似系数范围是0⁰.6596，平均值为0.2192，表明各材料间亲缘关系较远。采用UPGMA聚类法可将98份材料分为9类，其中种源为一级分类标准，杂交品种依据其杂交亲本的来源首先聚类；花色、花型、瓣型及种源地作为二级分类标准互相影响小类群的划分。对9个类的遗传多样性分析显示，木瓜属植物类间变异在总的遗传变异中平均占23.2%，各类间的遗传距离均不大且基因流动性较高（Nm=1.6580），这也验证了木瓜属植物种间杂交容易、杂交品种较多的现状。5.筛选出了6对核心引物用于构建木瓜属指纹图谱，其中引物ME3-EM3与另外5对引物中任意一对两两组合均可以鉴别出所有品种。结合引物ME3-EM3和ME6-EM1扩增出的19条多态性条带，借鉴常规植物检索表编制方法，编制了98个品种的分子标记检索表。6.以SRAP标记为基础，构建木瓜属种质资源的核心种质。按照10%⁸0%的整体取样比例，依据分组法和不分组法分别取样，对比两方法的异同。另外，结合C语言编程，提出了适用于本属植物核心种质构建的方法：多态位点数最高法。与目前常用的核心种质构建方法相比，该方法简单高效，采用较低的取样比例（20%）即可达到核心种质的构建标准。7.利用改良的CTAB法成功提取出木瓜（C. sinensis）基因组DNA。