2009年新的医疗体制改革开始进行后，本市各级基层医院已经陆续执行新医改对基层医院的改革规则，目前基层医院已经全面实行了基本药物制度、药品零利率和绩效工资制，根据实际了解基层医院在新医改实行后浮现了不少管理问题，也不能有效的发挥基层医院解决人民基本医疗保障的作用。新医改的公益性导向和原来的基层医院追求经济效益为目标有很大的差别，这些都迫切需要新的绩效管理方式来实现基层医院在新医改下的战略目标。本文从绩效管理理论和方法出发，对比国内外医院绩效管理的研究，实际调查分析了本市的数家基层医院，找出实际存在的问题，针对性的设计了一套基层医院的绩效管理方案。方案以新医改对基层医院的要求为主要战略目标，从医院到科室再到个人岗位逐步分解目标，运用KPI（关键绩效指标法）、BSC（平衡记分卡法）建立绩效考核指标体系，将基层医院的绩效管理从计划、辅导、评价、反馈和结果应用五个步骤来实施，并采用360度考评法和绩效考核指标完成情况，从定性和定量两个方面全方位对员工进行年度评价。绩效管理的最终目标是发挥基层医院的公益性，满足人民的基本医疗需求，解决“看病难看病贵”的问题，达到新医改对基层医院的要求，同时也提高医院的竞争力和医疗实力，提高员工的工作能力和技术水平，更好的为大众的健康保健服务。本文以科学的现代绩效管理理论和方法为基础，仅以研究的角度出发，设计的绩效管理方案面向所有的基层医院，绩效管理方案中的内容没有考虑一家医院的实际情况，所以实际运用需要不断的修改完善，可作为基层医院在新医改背景下重新设计绩效管理方案的参考借鉴。