白菜RING基因家族的全基因组鉴定与表达分析

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含有RING结构域的RING指类E3泛素连接酶是参与26S蛋白酶体系统中的最重要的酶类型之一。越来越多的RING指蛋白基因被发现参与到各种重要的生物学过程中。本研究从白菜(Brassica rapa,AA,2n=20)基因组数据中共鉴别出了 715个RING指蛋白基因含731个RING结构域,后者可进一步被分为 8 个类型:RING-H2(371),RING-HCa(215),RING-HCb(47),RING-v(44),RING-C2(38),RING-D(10),RING-S/T(5)和 RING-G(1)。按照是否还含有其它的结构域及其类型,715个RING指蛋白又可被分成51个组。其中700个RING指蛋白基因可以被制图到绘制白菜的10条染色体上:每条染色体上含有47~111个RING指蛋白基因。通过对白菜和拟南芥的RING指蛋白基因之间的同源关系比较显示:在白菜基因组中,仅在50例情况下,被三倍复制的三个拷贝完好的存在于三个亚基因组上(LF,MF1和MF2);而在146例情况下,被三倍复制的三个拷贝中仅有两个拷贝被完好的保留下来;在294例情况下,被三倍复制的三个拷贝中仅有一个拷贝被完好的保留下来。有57个白菜RING指蛋白基因和58个拟南芥RING指蛋白基因发生了衔接重复。RNA-seq转录组数据分析表明:其中有667个RING指蛋白基因在1至多种白菜组织器官中表达,证明它们参与到了白菜的各种生理和发育过程中。通过对它们对应的RNA-seq转录组数据的聚类分析,可以将其分为7个大类,其中1类含有231个都趋于在叶片表达的RING指蛋白基因,因而可以作为研究芸薹属(Brassica)作物叶球性状形成的遗传和分子机制的候选基因。利用半定量RT-PCR技术对其中的29个有代表性的不同类型的RING指蛋白基因进行了表达模式的验证。此外,利用利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-Time PCR,qRT-PCR)技术对其中的 17 个有代表性的RING指蛋白基因在盐和干旱胁迫条件下的表达模式进行了分析,结果发现其中有14和13个基因分别受盐和干旱胁迫诱导表达。本研究结果为进一步研究芸薹属作物的RING指蛋白基因的分类、进化和功能奠定了基础。
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