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方斑东风螺(Babylonia arealato),俗称花螺,是广盐暖水性贝类,地理分布相对集中,主要分布于广东、福建和广西等沿海地区。随着人类生活的不断进步,自然资源遭到了不同程度的影响,水域环境遭到破坏,水生物种的种质资源保护面临着前所未有的挑战。方斑东风螺作为21世纪最受欢迎的螺类之一,需求量上升,人工养殖发展迅速,但因长期人工养殖致使方斑东风螺种质出现退化现象,开展方斑东风螺遗传多样性研究、保护其种质资源十分紧迫。本研究采用COI和SSR两种分子标记方法,对福建东山(DSYF)、广东湛江(ZJYF)和广西北海(BHYF)三个方斑东风螺养殖群体的遗传多样性进行了研究。结果表明：对三个方斑东风螺养殖群体的COI基因进行PCR扩增,扩增片段长度为680 bp,碱基组成显示较高的A+T比例,约为62.42%；种群间多态位点数(Singleton polymorphic sites)为32,单倍型多样性(Hd±SD)为0.707+0.092,核苷酸多态性指数(Pi±SD)为0.00185±0.000 39,平均核苷酸差异数(K)为1.252。以泥东风螺(Babylonia lutosa)和织纹螺(Nassarius)为外群,构建了NJ系统发育树,其拓扑结构显示三个不同养殖群体的方斑东风螺首先聚类到一起,然后与泥东风螺聚为一支,与织纹螺形成不同的分支。从60对SSR引物中筛选出的14对引物对三个不同群体方斑东风螺基因组进行PCR扩增,共扩增出了53条条带,其中多态性条带为39条(73.58%),平均每个引物扩增出3.786个片段,片段大小在220-280 bp之间。三个不同群体的方斑东风螺种群间遗传距离变化较小,种群间最大遗传距离为0.0078,最小遗传距离为0.0136,平均遗传距离为0.011。遗传多样性分析表明主要在种群内存在较高的多样性,三个地理种群显示出较大的遗传相似性,种群内的变异要远远大于种群间的变异。