农村信用社是中国金融体系的重要组成部分，也是目前主要的合作金融组织形式。农村信用社在促进农业和农村经济的发展，以及农民增收方面起到了积极的推动作用。但是，目前大部分地区农村信用社由于管理体制不顺，产权制度不明晰，法人治理结构不健全，管理职权和责任未落实，导致了农村信用社内部控制建设严重滞后于业务发展，给农村信用社的健康可持续发展带来了极大的隐患。导致农村信用社经营处于困境的因素是多方面的，但就信用社自身来说，内部控制不严是一个重要的原因。经过几十年的发展，我国农村信用社在内部控制建设方面取得了很大进步，已经初步建立了内部控制的框架体系。但是，我国农村信用社的内部控制还很薄弱，在内部控制制度建设和执行等方面存在着明显的缺陷，无法有效地控制风险。我国学者对农村信用社的研究大多集中在产权、治理结构和不良贷款等方面，有些涉及了内部控制的内容，但论述不够深入、系统。本文结合农村信用社实际情况，借鉴国内外金融业内部控制的理论，对农村信用社内部控制的理论和实践进行了深入的分析，提出了许多有建设性的意见和建议，对我国农村信用社内部控制的研究和建设具有重要的借鉴作用。 本文采用历史分析的方法、定性分析和定量分析相结合的方法、跨学科研究法等研究方法，首先从农村信用社内部控制研究的背景、意义和国内外研究现状出发；然后阐述农村信用社内部控制的涵义、特点、目标、方法等基本理论；在风险管理方面，设计了农村信用社风险预警模型，并对不同的VAR计算方法进行比较，从而选择适合农村信用社具体情况的计算方法；针对农村信用社内部控制的现状，分析了农村信用社内部控制中存在的问题及存在问题的原因；最后结合我国农村信用社的实际情况，构建行之有效的农村信用社内部控制体系，从而保证农村信用社的稳健经营。 在金融环境不断变化的情况下，加强农村信用社内部控制建设，对于防范和控制风险，改善农村信用社的经营管理等都具有重要的意义。加强农村信用社内部控制建设是农村信用社外部监管的要求、是自我约束的保证、是保障金融业安全的基础、是农村信用社增强自身发展能力的内在需要。一个健全的内部控制体系，不仅有助于保证农村信用社实现经营目标，也有助于它维持可靠的财务与管理报告和实现远期效益目标；不仅有助于保证农村信用社遵循适当的法律和规章制度以及农村信用社的政策、计划、内部规定和程序，也有助于它减少意外损失或信誉受损的风险。