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本研究利用20个微卫星DNA标记,分析了柬埔寨5个地方鸡群体的遗传多样性。根据Nei氏标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离(DA),采用非加权配对算术平均法(UPGMA)和邻接法(NJ)构建分子聚类树,并用STRUCTURE推导了群体遗传结构。结果表明:在5个群体的300个样品中共发现了214个等位基因,每个位点的平均等位基因数为10.7±8.1,具有较高的多态性。群体遗传多样性丰富,平均期望杂合度在0.655-0.707之间,20个位点除了MCW0222、MCW0014和MCW0081的多态信息含量在0.4-0.5之间,其余的位点都大于0.5,表现为高度多态。根据UPGMA聚类树可以得出5个群体中CKC与CKP的亲缘关系较近,CSR与COD的亲缘关系较近。遗传结构分析表明5个群体的遗传背景相似。通过对二核苷酸鸡微卫星位点MCW0330和LEI0094的主要等位基因PCR产物直接测序与比较,以了解微卫星位点DNA序列结构变化与基因分型测定所获得的等位基因分布的关系。结果表明:LEI0094位点的重复单元是简单的二核苷酸重复,多数等位基因的重复单元结构为(AC)n,少数几个等位基因在(AC)n中插入了一到两个GA单元;MCW0330位点是非常复杂的复合微卫星,它的重复单元由CACAGACACA ,CAGACACA和CTCAGACA 3种类型构成;在MCW0330与LEI0094位点的侧翼序列以及重复单元的特定组合内都发现了SNPs,这说明等位基因在片段大小与序列结构上都有不同;片段大小相同的等位基因,其序列结构也可能不同,这会导致基因分型所产生的峰型出现差异。片段大小相同但是序列结构不同的隐蔽等位基因能导致对多样性的低估,或者在解释微卫星数据时出现偏离。