目前，区域创新系统很受国家重视，同时，区域产业结构升级作为国家的战略任务也早被提出。因此，建立完善的区域创新系统，促进区域产业结构升级，已成为当前我国建设创新型国家的重要举措。我国区域创新系统的发展对区域产业结构升级并没有起到很好的推进与促进作用，区域产业结构升级还存在很多问题。本论文对区域创新系统促进区域产业结构升级的机理、存在的问题进行了研究，并提出了具体对策，具有一定的现实意义。首先，论文介绍了区域创新系统与区域产业结构升级的相关的理论，在此基础上，分别从地方政府、高校与科研机构、企业、中介机构四方面来阐述区域创新系统对区域产业结构升级的作用机理，并分析各创新子系统的相互合作与协调对区域的产业结构升级能力的作用机理。其次，介绍了我国东、中、西、东北区域创新系统与区域产业结构升级的现状，并对四个地区区域创新系统促进区域产业结构升级存在的问题进行了分析。最后，在综合分析我国区域创新系统促进区域产业结构升级的机理、现状、问题的基础上，从东、中、西、东北四个区域分别提出了针对各自特点的对策。