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蒙古羊及其亚种广泛分布在我国长江以北,蒙古高原及中亚地区,具有耐寒、耐粗饲和肉质鲜美等优良特征。因其繁殖力较低,影响了蒙古羊体系的生产效率。本研究采集苏尼特羊260只(其中经产单羔羊183只,经产双羔羊77只)作为试验样本,同时采集乌珠穆沁羊36只、呼伦贝尔羊(大尾型)、呼伦贝尔羊(小尾型)、小尾寒羊与湖羊各30只,研究样本总数为416只。利用PCR-RFLP及直接测序技术,挖掘和分析苏尼特羊GDF9基因存在的突变位点及其对苏尼特羊产羔数的影响,并对其进行遗传多样性分析、生物信息学分析和功能性验证。结果表明:(1)在苏尼特羊群体GDF9(生长分化因子9,Growth differentiation factor 9)基因中发现11个SNP(单核苷酸多态性,Single nucleotide polymorphism),在这11个突变位点中有两组突变位点属于连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD),分别为LD1(g.41770932C>T SNP+g.41771134A>G SNP+g.41771380C>T SNP)和LD2(g.41771007G>T SNP+g.41771305A>G SNP+g.41771380C>T SNP),且g.41770718T>G SNP与LD1在产双羔母羊群体中呈一定的相互连锁;关联性分析结果表明,g.41770718T>G(P<0.01)、LD1(P<0.001)、p.Ser347Phe(P<0.05)和c.1525A>G SNP(P<0.01)与苏尼特羊平均产羔数显著相关;(2)双荧光素酶对启动子活性分析表明,g.41770932C>T SNP在LD1中起主要作用,并且在启动子上游-177bp处为GDF9的核心启动子;G等位基因在-118处(g.41770718T>G SNP)可使GDF9启动子活性下降,而T等位基因在-332处(LD1的g.41770932C>T SNP)可使其启动子活性上升,当G和T等位基因同时存在于-118和-332,同样使启动子活性上升。上述结果表明,g.41770932C>T SNP(LD1)位点可以显著影响GDF9基因的表达量,且与苏尼特羊产羔数显著相关。