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本研究利用16对呈现多态的鸭微卫星标记,对绍兴鸭、缙云麻鸭、北京鸭三个品种,共144羽鸭的基因组进行检测,对各标记的基因频率、杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等进行分析,并进而分析各标记基因型与300日龄产蛋量、开产日龄、开产体重、平均蛋重等产蛋性状的相关性。主要结果如下:1. 16个微卫星座位上共发现了128个等位基因,各座位等位基因数3～18个,三个鸭品种的整体基因杂合度(H)在0.2233～0.8664之间,平均值为0.5925;多态信息含量(PIC)在0.2064～0.8531之间,平均值为0.5509;有效等位基因数在1.2875~7.4863之间,平均值为3.0740。除位点APL515894在三个品种中不存在非共有等位基因,其他15个位点都或多或少的在某个或某些品种内存在非共有等位基因。三个品种群体遗传差异较大,整个群体保留着大量的遗传多样性。2.分析各位点与部分产蛋性能的相关性:(1)300日龄产蛋量方面,位点APL515894中,CC型显著高于其他两种基因型(P﹤0.05);位点APL515883中, CE型显著高于CD等五种基因型(P﹤0.05);位点APL515893中,BC型显著高于AA等四种基因型(P﹤0.05);位点APL515884中,EE型显著高于AA等五个基因型(P﹤0.05)。(2)开产日龄方面,位点APL515894中,CC型显著早于其他两种基因型(P﹤0.05);位点APL272578中,AA型显著早于AB、AC型(P﹤0.05);位点APL515883中,CD型显著早于AA、AB等五种基因型(P﹤0.05);位点APL515893中,CC型显著晚于AB、BC、BB型(P﹤0.05)。(3)开产体重方面,位点APL272578中,AB型显著高于其他基因型(P﹤0.05);位点APL515894中,AB显著高于其他两个基因型(P﹤0.05);位点APL515893中,AA型显著高于AB、BC、BB型,CC型显著高于AB、BC、BB基因型(P﹤0.05)。(4)平均蛋重方面,位点APL515894中,AB型显著高于其他基因型(P﹤0.05)。3.用D_A/NJ和D_S/NJ法对三个鸭种分别进行聚类分析,得到的聚类结果一致,绍兴鸭与缙云麻鸭先聚为一类,再与北京鸭聚为一类,此聚类结果与三种鸭的地理分布及种质区别情况相符。