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目的:比较伴远处转移与不伴远处转移乳头状甲状腺癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）患者血清蛋白质指纹图谱差异并构建相关血清蛋白质指纹图谱筛选模型;比较肺转移灶具有碘-131(131I)摄取功能与无131I摄取功能PTC患者血清蛋白质指纹图谱差异并构建相关血清蛋白质指纹图谱筛选模型。方法:本研究共搜集两对患者血清标本,分别对两对标本进行血清差异蛋白质组学研究。第一对标本:伴远处转移组和不伴远处转移组PTC患者血清标本。搜集36例伴远处转移PTC患者和29例不伴远处转移PTC患者的血清,其中建模组45例（伴远处转移PTC组26例,不伴远处转移PTC组19例）,盲法筛选组20例（伴远处转移PTC组10例,不伴远处转移PTC组10例）。第二对标本:肺转移灶具有131I摄取功能组与无131I摄取功能组PTC患者血清标本。搜集46例肺转移灶具有131I摄取功能和23例肺转移灶无131I摄取功能PTC患者的血清。其中建模组28例(肺转移灶具有131I摄取功能组19例,肺转移灶无131I摄取功能组9例),盲法筛选组41例(肺转移灶具有131I摄取功能组27例,肺转移灶无131I摄取功能组14例)。采用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱（ surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry ,SELDI-TOF-MS）技术检测获得血清蛋白质指纹图谱。运用Ciphergen Proteinchip 3.1软件比较每对标本中两组患者的血清蛋白质指纹图谱的差异。采用生物信息学分析方法建立用于筛选的相关决策树模型,并进行盲法筛选验证。结果:第一对标本:在质荷比1500Da～20000Da范围内,两组患者血清中共检测到69个蛋白峰,其中10个蛋白质峰在两组间的差异有统计学意义（P <0.05）,1个蛋白质峰（M/Z=11403.4Da）在伴远处转移PTC组呈高表达,9个蛋白质峰在不伴远处转移PTC组呈高表达。用建模组数据构建的决策树模型对20个盲法筛选样本进行归类预测,其灵敏度为80%,特异度为80%。第二对标本:在分子量1300Da～15000Da范围内,两组患者血清中共检测到151个蛋白峰,其中7个蛋白质峰在两组间差异有统计学意义（P <0.05）。这7个峰中,5个蛋白质峰在肺转移灶具有131I摄取功能组中呈高表达,2个峰（M/Z=3889.8Da、M/ZM/Z=4193.8Da）在肺转移灶无131I摄取功能组中呈高表达。用建模组数据构建的决策树模型对41个盲法筛选样本进行归类预测,其灵敏度为92.6%,特异度为85.7%。结论:本研究应用SELDI-TOF-MS技术,发现伴与不伴远处转移PTC患者以及肺转移灶具有131I摄取功能与无131I摄取功能PTC患者的血清蛋白质指纹图谱存在显著差异,以此建立的决策树模型对PTC伴与不伴远处转移,以及PTC肺转移灶的131I摄取功能能够做出较为准确的预测判断和筛选归类。本研究为临床上预测PTC的相关生物学行为提供了一种新的方法,对于指导PTC的临床治疗决策具有潜在应用价值。