苹果（Malus domestica）属于落叶乔木,主要种植于北半球温带地区。‘富士’是我国栽培面积最大的苹果品种,栽培面积占全国70%,‘富士系’超过100种,可分为‘长枝富士’、‘短枝富士’、‘早熟富士’;其他栽培面积较大的品种还有‘嘎啦系’、‘金冠系’。由于果树种质资源的保护,存在一定的不足。新品种在推广过程中存在冒名的问题,即同名异物或异物同名现象。同时果树是多年生树种,从定植到结果一般需要3年以上时间,一旦种植品种出现纯度问题,会给种植者带来极大的经济损失,因此,为加强品种鉴定工作,构建一套完善的苹果品种鉴定体系,对苹果植物资源保护利用尤为重要。利用TP-M13-SSR标记筛选引物,结合特征引物法和引物组合法,筛选出14对SSR引物用于苹果指纹图谱的构建。在指纹图谱数据的基础上,进一步完成196份苹果品种分子身份证的构建和条形码的绘制。通过NTSYS软件对引物扩增条带数据处理,绘制苹果品种聚类分析图。本研究构建了173份苹果品种的分子身份证。对130份苹果品种进行遗传多样性分析,大致分为栽培品种、野生资源和红肉苹果,分析结果与品种亲缘关系大致相吻合。14对SSR引物在196份苹果种质材料中共检测117个等位基因,等位基因数5（Hi23d06、Hi08f05、AU223670-SSR）～15（CH03d07）,平均值为8.36。共有270种基因型,基因型数8（AU223670-SSR）～32（CH03d07和Hi05e07）,平均值为19.29。引物杂合度幅度0.089（Hi08f05）～0.851（Hi23d06）,平均值为0.456。引物期望值幅度0.101（Hi08f05）～0.853（CH03d07）,平均值为0.608。多态性信息值幅度0.099（Hi08f05）～0.830（CH03d07）,平均值为0.494。引物等位基因频率幅度-0.1415（CH05d08）～0.2240（CH03c01）,平均值为0.0979。