随着市场经济的不断发展,特别是我国跃居世界第二大经济体后,科技创新的作用愈发突出。我国各级政府也纷纷提出了建设创新型国家的重大战略决策,提倡创新驱动发展,伴随而来的是国家对科技投入的大幅度增长。2012年5月国家正式启动了“2011计划”,标志着我国继“211工程”、“985工程”后又一个重要战略。高校是该战略的直接受益者,科研经费占高校经费的比重越来越大。随着科研经费的大量增加,社会各界对科研经费的关注持续增长。如何有效分配科研经费、充分发挥科研经费的价值,推动我国高校科研经费管理机制的不断完善与创新、促进高校科研经费管理的规范化及合理化进程、提升高校科研经费的使用效率等,具有一定的理论意义和现实意义。本文首先概述了科研经费的理论及其发展,借鉴相关理论与国外科研经费管理经验,在综述国内外研究现状的基础上,运用比较研究、案例研究、文献研究等方法,在对我国高等学校科研经费管理的现状、存在问题和原因进行分析以及对国外发达地区高等学校科研经费管理模式的经验进行借鉴的基础上,构建了我国高等学校科研经费管理模式：全成本核算模式,阐述了该模式的内容、流程和计算公式,对我国各高校科研经费管理具有一定的借鉴作用。并以G高校为例,描述G高校科研经费管理现状及实施过程中存在的问题,分析产生这些问题的根源,进而提出解决这些问题的对策与建议。本文的基本结论是：由于我国高校科研经费管理模式单一,体制不健全,财务预算不合理等原因,造成了当前高校科研经费的使用效率不高、出现违规报销的情况等问题,不能真正反映科研投入和产出的对应关系,严重影响了科研经费的价值。本文提出了全成本的核算模式,通过对间接成本的核算和分摊,能够更为精确的反映科研经费的成本,从而真正体现科研经费的价值。