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叶绿体作为植物细胞的重要细胞器，它自身完整的基因组研究在植物基因组学的研究中越来越重要。无患子（Sapindus mukorossi）和三叶青（Tetrastigmahemsleyanum Diels et Gilg）是两种常用的药用植物，具有重要的经济和药用价值。目前关于无患子和三叶青叶绿体基因组的研究甚少，阻碍了这两种药用植物的分子生物学和基因组学的发展。本文首次发表了无患子和三叶青叶绿体基因组全长，得到以下结果: (1)本论文首先对植物叶绿体分离方法进行了比较分析，通过对比分离得到叶绿体的重量、质量以及测序结果，最后得出结论:低盐-高PH法得到的叶绿体最多，状态最好，拼接最完全。 (2)运用生物信息学的方法，拼接出无患子和三叶青的叶绿体基因组全长，分别是160，481 bp和159，889 bp，并对两种植物的叶绿体全基因组做了GC含量和重复序列分析。 (3)通过分析无患子和三叶青所在的无患子目和葡萄目各3种植物，发现葡萄目的3种植物均丢失了IRa/LSC边界上的rps19基因，且三叶青还丢失了SSC/IRa边界的ycf1基因。无患子目和葡萄目的6种植物的基因编码区比非编码区保守，且IR区比LSC和IR区更趋保守。 (4)分别利用不同的数据源（rbcL、atpB、matK、rbcL+ atpB+ matK和53个蛋白编码基因），构建了41种蔷薇分支的系统进化树，发现利用53个蛋白编码区所得的系统进化树，科目位置准确，且支持率高;而个别基因或者联合建树得到的结果并不理想。 本论文通过对比实验，得到了分离叶绿体的最优方法，并运用此方法获得了无患子和三叶青叶绿体基因的全长，并对此进行了比较分析;通过对比不同数据源的系统进化分析，得出以叶绿体全基因组为数据源的系统进化树具有更强的分辨力的结论，这些研究丰富了无患子和三叶青叶绿体全基因组研究，也为叶绿体基因组条形码的进一步应用提供了理论依据。