目的：通过建立山东道地药材瓜蒌的化学指纹图谱和生物指纹图谱数据库,并运用数学方法研究瓜蒌生物指纹图谱和化学指纹图谱之间的复杂关系,初步探讨生物遗传物质和化学成分之间的相关性,逐步建立瓜蒌多元多息指纹图谱和品质相关数学评价模型,为山东道地药材瓜蒌的品种鉴别和质量评价提供更为准确、有效的方法和依据。方法：采用高效液相色谱法(HPLC)、红外光谱法(IR)、紫外光谱法(UV)随机扩增多态性DNA (RAPD)、聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)等技术和方法鉴别山东瓜蒌。运用偏最小二乘法(PLS)分析瓜蒌生物指纹图谱和化学指纹图谱之间的相关性,建立与其品质相关的数学评价模型。结果：建立了山东道地药材仁瓜蒌的HPLC指纹图谱,并对山东不同瓜蒌样品进行了分析,结果表明,同一种植基地叶形和果实形态差异较大的瓜蒌,其高效液相指纹图谱具有明显的差异,但是红外光谱和紫外光谱分析结果差异不大。RAPD和蛋白电泳研究结果表明,所有瓜蒌样品均能获得多条共有谱带,表明他们具有相似的遗传物质基础,但是某些谱带的强弱、有无也存在样品间的特异性,表明山东瓜蒌具有丰富的遗传多样性。以蛋白指纹图谱数据和高效液相指纹图谱数据为代表,运用偏最小二乘数理统计方法(PLS)分析了瓜蒌生物指纹图谱和化学指纹图谱之间的相关性,初步构建了瓜蒌品质相关的数学评价模型。结论：初步建立了瓜蒌的多元多息指纹图谱及其品质相关的数学评价模型,创立了全新的中药鉴别和质量评价体系,为瓜蒌的品种鉴别和质量评价提供更为准确、有效的方法和依据。