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硬骨鱼作为兼具先天性免疫和适应性免疫的低等脊椎动物,与哺乳类等高等脊椎动物相比,其免疫系统并不完善。特别是硬骨鱼类生活的水生环境极为复杂,具有大量的微生物,因此在抗原的入侵过程中,特异性识别外来抗原对于硬骨鱼类的生存具有重大意义。主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)由一群紧密连锁的基因构成,MHC基因通常指MHC I类基因和MHC II类基因,MHC基因在适应性免疫中发挥巨大作用。MHC I类基因编码的蛋白能够识别内源性抗原并将其提呈给CD8+T淋巴细胞,而MHC II类基因编码的蛋白能够识别外源性抗原并将其提呈给CD4+T淋巴细胞。MHC是基因组中多态性最高的基因群,其中MHC II类基因的多态性研究较多。MHC II类基因的多态性表现在每个基因座有许多复等位基因,导致产生了许多抗原结合多肽,能够识别多种抗原。MHC基因多态性分析已成为脊椎动物抗病性研究的热点。现在关于MHC多态性分析的研究主要分析的是外显子2,因为其编码的氨基酸构成了抗原结合区(PBR),这一结构域直接决定抗原的识别能力。但目前关于MHC II类基因全长序列多态性的研究较少。分析结果如下:一、根据鮸鱼MHC IIA(DAA)和IIB(DAB)的cDNA序列设计特异性引物,分别在26条鮸鱼的cDNA中扩增到DAA和DAB的全长序列。每个个体挑取18个阳性克隆,并进行双向测序,共获得39个新的DAA等位基因和47个新的DAB等位基因。二、在40个DAA等位基因序列中,能翻译成30个不同的氨基酸序列,14个等位基因具有相同的氨基酸序列。序列比对发现在第95个氨基酸处,283-285核苷酸处发生碱基缺失,在其他位置没有发现这一特征。鮸鱼DAA等位基因中共发现79个多态性位点,其中56个位于外显子2上。外显子1、2、3、4序列的多样性各不相同,外显子2上的多样性水平最高。非同义替换与同义替换的比率在PBR和非PBR分别为3.767和3.128,PBR序列多样性明显高于非PBR序列。用基于密码子的最大相似性方法和Data Monkey服务器提供的多种最大似然法检测40个鮸鱼DAA等位基因的正选择位点,共检测到22个高度一致的正选择位点。其中19个位点位于α1结构域,由外显子2编码;另外3个正选择位点位于α2结构域,由外显子3编码。三、与其它已经研究的硬骨鱼DAB等位基因数量相比较,鮸鱼DAB等位基因数量较多。48个鮸鱼DAB等位基因可以翻译成34个不同的氨基酸。48个等位基因中有103个多态性位点,其中72个多态性位点位于编码β1结构域的外显子2上。氨基酸序列比对显示,β1结构域和其它结构域相比具有高度多态性。外显子2上的非同义替换和同义替换的比率为1.531,较其它外显子都高。外显子1和6上没有非同义替换,因此,这两个外显子的非同义替换和同义替换的比率为0,说明在鮸鱼DAB中间序列部分发生了平衡选择。48个鮸鱼DAB等位基因共检测到18个正选择位点,17个正选择位点位于外显子2编码的β1结构域,1个位于外显子3编码的β2结构域上。本研究为分析鮸鱼MHC基因多态性与疾病的关系和分子育种研究提供了重要的理论基础。