甜瓜抗蔓枯病遗传分析及基因定位研究

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甜瓜(Cucumis melo)栽培广泛,类型丰富,2015年全国甜瓜播种面积约46万公顷。甜瓜蔓枯病是影响甜瓜产量和质量的重要病害之一,可以侵染植株的叶片、茎秆和果实。植株侵染后会出现坏死斑点,严重时甚至整株死亡。虽然化学方法和农业措施对该病具有一定的防治效果,但是选育抗病品种是防治蔓枯病最常用、也是最经济有效的方法之一。本研究希望阐明甜瓜抗蔓枯病遗传特性,构建基于单核苷酸多态性(SNPs)的甜瓜高密度遗传图谱,对抗蔓枯病基因进行定位。本研究的主要结果如下:1.甜瓜抗蔓枯病基因的遗传分析以甜瓜HS和XH自交系为亲本,构建F2遗传分离群体。对HS(20株)、XH(20株)、F1(25株)、F2(219株)群体进行蔓枯病人工接种鉴定。亲本HS为抗病,亲本XH为感病,F1植株表现抗病,F2群体中抗病植株数和感病植株数的比值约为3:1,表明甜瓜蔓枯病抗性是由显性单基因控制的。2.甜瓜高密度遗传图谱的构建以F2群体为图谱构建群体,利用Illumina HiSeq2500高通量测序平台对甜瓜亲本HS和XH进行深度重测序,平均基因组覆盖深度26×;对150株甜瓜F2群体单株进行低覆盖度重测序,平均基因组覆盖深度2×。最终构建了含有13,275个上图bin标记,包含1,188,159个SNP标记,总图距为1987.06cM,平均图距为0.18cM的甜瓜高密度遗传图谱。该图谱有效提高了甜瓜基因组的scaffold锚定效果,超过91%的scaffold得到成功锚定到染色体。3.甜瓜抗蔓枯病基因定位和候选基因的分析在高密度遗传图谱的基础上,利用连锁分析把甜瓜蔓枯病抗性基因定位在甜瓜12号染色体CM3.5_scaffold00018的106kb的区间上,该区间包含8个基因,实现了对甜瓜蔓枯病抗性基因的初步定位。通过对候选基因进功能、基因表达和非同义SNP分析表明注释结果表明,MELO3C012987编码Avr9/Cf-9快速响应蛋白146的同源基因,MELO3C012991编码SEC13同源蛋白,MELO3C012992编码GATA转录因子,可能与甜瓜抗蔓枯病有关。
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