当今世界经济呈现知识化的特征，全球经济强国无一例外都将发展知识经济作为本国在全球经济发展中的重要组成部分。在区域经济格局发生变革和重组的过程中，出现了一些新兴的快速发展区域和创新能力较高的产业区，它们成为国民经济和区域经济成长的引擎。区域创新系统的建立、运行、评估和调整是区域创新理论的实际应用，区域创新系统又是自主创新实现的主要平台，而自主创新的最主要技术、经济和法律上的结果就是知识产权的出现，从而使得区域创新系统下的知识产权管理问题已经成为我国区域经济发展的重要内容。知识产权管理范围涵盖了知识产权各个方面，内容为知识产权的宏观调控和微观操作，作用在于系统协调各种关系，解决各种矛盾，提高效率，目的在于加速知识产权工作发展，保证知识产权成果更有效地为人类社会服务。然而，我国自主创新和知识产权管理之间缺乏紧密的系统联系，从而很难形成自主创新和知识产权之间的良性循环，因此，对区域创新系统理论、构建、运行、评估以及知识产权管理做理论与实践并行的深入探讨，建立和推崇区域创新理论指导下的知识产权管理新视角是必要的，对学术进步和实践指导都深具意义。本文通过对区域创新理论、知识产权管理理论以及区域创新系统与知识产权管理之间交互作用的探讨，从区域创新系统的构成、运行和能力评估三个方面，全面分析介绍区域创新系统；全面分析在区域创新理论指导下的区域创新系统平台中，深圳市龙岗区知识产权发展现状；结合对龙岗区知识产权管理体系的分析和对龙岗区创新主体——科技企业进行的知识产权专题调研，实证分析了龙岗区在知识产权管理方面的基础和问题；综合理论与实证分析，对深圳市龙岗区通过知识产权管理提升区域创新能力提出了相应的对策措施。