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月季是一种广受欢迎的多年生木本花卉，广泛应用于园林绿化。现代月季品种多样，尤其在近百年的时间里发展迅速，目前品种数量已经达到25000多种。但同时，由于现代月季杂交背景复杂，最终造成了众多月季品种的遗传背景不详尽，总体遗传信息混乱的局面，为现代月季品种的分类和新品种的培育造成了很多困扰。本试验应用SSR分子标记技术建立了适于现代月季遗传多样性分析的10μL反应体系，分析并获取了能够鉴定出花色和微型月季的特定引物组合，对84个月季品种进行遗传多样性聚类，鉴定了这些品种间亲缘关系，为现代月季品种分类和鉴定提供更有力的依据，同时也为新品种的选育建立基础。（1）用首创的PHOTOSHOP评分法进行了现代月季SSR反应体系的优化，并进行了验证试验，证明这种方法的可行性，即基于像素的条带分析技术能够更好的规避人为因素对条带评分的干扰，并应用于本试验建立了Tap酶0.75Μ，dNTPs0.3mmoL·L-1，Mg2+1.0mmoL·L-1，引物0.6μmoL·L-1的10μL现代月季SSR反应体系。（2）从52对SSR引物中筛选出了18对多态性好的引物，利用优化后的反应体系对84个月季品种进行PCR扩增，得到电泳图进行0-1数据统计，应用Dps v7.05进行聚类分析，结果显示微型月季品种可以和丰花月季、藤本月季、杂种香水月季区分开，并找到了微型月季在部分引物的特有带型，做到了只用引物RH48和Rw10M24就能够将微型月季与丰花月季、藤本月季、杂种香水月季区分开。（3）对18对筛选出来的引物，分别进行聚类，分析聚类图中各组分的各花色的个体数占该花色总个体数比例，找寻和花色特性相关的引物。结果得出本试验中的纯白色和纯黄色月季品种的特异性引物都为Rw22A3和Rw5D11引物组合，且两对引物都位于A4染色体。紫色品种能够用Rw10M24和Rw22B6引物组合聚为一类。（4）建立了植物数据库系统，可以将植物鉴定结果长期分类保存，可进行样品位点信息浏览和比对。改善了以往大量品种试验结果保存格式不统一，查询、比对繁琐的缺点。