反垄断法作用的发挥离不开一个科学、权威、独立的执法机构。反垄断执法机构的科学设置是中国反垄断法制建设中的重要一环，我国的反垄断法迟迟不能推出，反垄断执法机构的设置就是“拦路虎”之一。本文首先从美国的反垄断法的产生和发展入手，追溯反垄断执法机构的起源，分析了反垄断执法机构的内在价值和内涵职能，为反垄断机构的科学设置寻找理论依据；研究了美国、日本、意大利、德国、韩国和俄罗斯等国的反垄断执法机构的设置，通过对比分析，发现世界各国机构设置共同特点可以概括为“机构法定，科学合理，地位较高，职权独立，人员专业，执法有力”，这也是我国反垄断执法机构设置应当借鉴的重要经验；结合我国的实际情况，分析我国反垄断执法机构所应具备的条件，认为机构设置在符合以上共同特点的同时，还必须充分考虑我国的国情，满足反行政性垄断的要求、符合经济发展的现状和政治体制的框架；对照我国反垄断执法机构设置的要求，反思我国现行反垄断执法机构的不足，并重点分析了《反垄断法(草案)》中执法机构“双层架构”方案的优缺点；提出我国反垄断执法机构设置的意见和建议，认为我国反垄断执法机构应当在现行行政司法框架的基础上，按照立法、执法和司法分离的原则，分别设立国家反垄断委员会、反垄断监察局和反垄断上诉法庭，相互协调、相互制约，共同执行反垄断法。