随着农村集体经济的发展,农村集体股份经济合作社不仅是农村集体经济组织的主要形式之一,还是壮大发展农村集体经济以及实现乡村振兴战略目标的重要路径之一。2017年作为全国第二批农村集体产权制度改革试点县的新县,在这一年将农村集体产权制度改革的大幕缓缓拉开本文通过对信阳市新县农村集体股份经济合作社运行现状的分析,指出其运行机制存在的共性问题:组织构建趋于形式化;相关制度不够健全;融资难融资贵;“委托-代理”代理成本较高等问题。本文将内生变量农村集体股份经济合作社运行机制细化为内部治理、产权制度、融资结构、收益分配和监督管理五个潜变量。基于对信阳市新县15个乡镇的202个农村集体股份经济合作社的调研所获取的数据,通过结构方程模型（SEM）对股份经济合作社运行机制的五个部分进行细化分析,找出能够使它们充分发挥作用的路径方法;再分析政府、合作社成员、社会这三个层面对股份经济合作社运行机制的影响,并为促进股份经济合作社健康运行提出建议。主要研究结果如下:第一,政府对农村集体股份经济合作社运行机制中的产权制度影响最大,需要政府从立法层面对其赋予合作社成员的有偿退出权、抵押权、继承权等进行体系化的制度设计并作为重要的规范内容;第二,社会对农村集体股份经济合作社运行机制中的融资结构影响最大,农村集体股份经济合作社由于农业生产特有的周期长、风险大、利润低、劳动力低下,人口老龄化等特征,导致其资金储备量较低,需要社会资本向农村集体股份经济合作社的倾斜,特别是农业信贷和农业保险对农村集体股份经济合作社的优惠与支持;第三,农村集体股份经济合作社成员对农村集体股份经济合作社运行机制中的内部治理影响最大,农村集体股份经济合作社的成立与发展都以成员为基础,内部治理机制中的股东会、理事会、监事会等机构都由合作社成员组成,合作社成员以此保证自身权利的充分行使以及保障自身合法权益,更能够促使农村集体股份经济合作社在民主管理以及民主决策的规范下健康运行,确保合作社成员的知情权、参与权、监督权、表达权,保障合作社成员成为真正的参与者以及受益者,实现农村集体和合作社成员的共同富裕,发展壮大农村集体经济。最后,本文以信阳市新县农村集体股份经济合作社为例,提出优化农村金融支撑形式、加强人才队伍建设、提高合作社成员参与意愿、规范内部治理结构建设、设计科学合理的分配方案、推动法规体系完善、加强政策引导等方面完善农村集体股份经济合作社运行机制的具体建议,为国家发展农村集体股份经济合作社提供一定参考。