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当前,全球超过半数的新发和突发传染病为动物源性病毒性传染病,其所占比例仍在持续增加。蝙蝠是唯一具有飞行能力的哺乳动物,其分布广泛、种类众多、多群居迁徙且与人类接触密切,是众多威胁人类健康的高致病性人畜共患病毒的自然储存宿主,如严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome Coronavirus,SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome Coronavirus,MERS-CoV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome Coronavirus,SADS-CoV)及严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)等。SARS 和新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)疫情分别爆发于广东省和湖北省,但与其病原体(SARS-CoV和SARS-CoV-2)高度同源的冠状病毒序列均发现于云南省的菊头蝠属蝙蝠,意味着两种高致病性冠状病毒极有可能起源于蝙蝠。SADS-CoV虽只在广东省的猪群中爆发,但其作为新近从蝙蝠中溢出的仔猪高致病性病原体,对我国生猪养殖产业的威胁并没有消失。四川省是我国最大的生猪养殖基地,当地蝙蝠中是否携带SADS-CoV相关病毒亟待确认。四川、云南与广西三省区地理相连、野生动物资源丰富多样,因此,调查我国西南地区代表性蝠种携带冠状病毒的情况,对蝙蝠源性新发突发传染病的预警溯源具有重要意义。方法:(1)利用第二代测序技术结合生物信息学分析的病毒组学分析方法,调查我国四川、云南、广西三个省区代表性蝠种所携带冠状病毒的情况;(2)利用巢式PCR、基因组步移及末端RACE等技术获得冠状病毒阳性样本中冠状病毒的全基因组序列;(3)运用经典描述性统计学方法和序列相似性位点分析,研究新鉴定出的冠状病毒与已知冠状病毒在全基因组水平及基因组不同区域的异同;(3)运用进化分析,研究不同地区不同蝙蝠种中新鉴定出的冠状病毒的遗传进化特征、宿主特征及地理分布规律;(4)运用重组分析,研究新鉴定出的冠状病毒中的可疑序列与已知冠状病毒可能存在的重组关系,用以分析冠状病毒的跨种传播和溢出风险等问题。结果:(1)本研究从四川、云南及广西三个省区采集了涉及24个蝙蝠种的895份蝙蝠肛拭子和咽拭子样本,最终从涉及4个蝙蝠种的22个阳性样本中扩增得到11条冠状病毒全序;(2)从广西的小黄蝠中扩增出的4条冠状病毒全序(BtSk-AlphaCoV/GX2018A,B,C,D)均属于阿尔法冠状病毒属(Alphacoronavirus,AlphaCoV)Pedacovirus 亚属,它们与来自海南小黄蝠的 Scotophilus bat coronavirus 512(BtCoV/512)属于同一个冠状病毒种。BtSk-AlphaCoV/GX201 8D是一条重组序列,其S蛋白的S1亚基与猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的亲缘性更为密切,该片段可能来自PEDV的祖源序列;(3)从云南的中华菊头蝠中扩增出1条冠状病毒全序(BtRs-AlphaCoV/YN2018),该序列属于AlphaCoV属Decacovirus亚属下的一个新的冠状病毒种,其S蛋白区域至少存在两处重组的痕迹;(4)从四川和云南的菊头蝠科蝙蝠中扩增出5条SARS相关冠状病毒(SARS-related Coronaviruses,SARSr-CoVs),它们均属于贝塔冠状病毒属(Betacoronavirus,BetaCoV)Sarbecovirus亚属。来自四川省菊头蝠科蝙蝠的冠状病毒序列(BtRl-BetaCoV/SC2018)属首次在四川省发现的SARSr-CoV。来自云南省中华菊头蝠的 4 条 SARSr-CoVs 序列(BtRs-BetaCoV/YN2018A,B,C,D)中的BtRs-BetaCoV/YN2018B与SARS-CoV的亲缘性最为密切,且与能够利用人类血管紧张素酶 2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)的 SARSr-CoV WIV1 和 WIV16高度同源;(5)从广西的犬蝠中扩增出1条冠状病毒全序(BtCs-BetaCoV/GX2018),该序列属于BetaCoV属Nobecovirus亚属下的一个新的冠状病毒种,其与Nobecovirus亚属中其它源自狐蝠科蝙蝠冠状病毒亲缘性较远。结论:(1)广西的小黄蝠中发现的冠状病毒意味着BtCoV/512相关冠状病毒有着广泛的地理分布,且与PEDV的亲缘关系密切。重组序列BtSk-AlphaCoV/GX2018D的发现为PEDV的蝙蝠起源提供了新的线索;(2)中华菊头蝠中鉴定出的BtRs-AlphaCoV/YN2018丰富了该物种携带冠状病毒的种类,该病毒所在Pedacovirus亚属的冠状病毒呈现出宿主多样的特征;(3)四川省菊头蝠属蝙蝠中发现的BtRl-BetaCoV/SC2018意味着SARSr-CoVs的分布比之前预估的更为广泛。云南省菊头蝠科蝙蝠中携带的SARSr-CoVs较四川省菊头蝠科蝙蝠中携带的SARSr-CoVs与SARS-CoV的亲缘关系更加密切,这为SARS-CoV起源于云南省的蝙蝠提供了佐证。BtRs-BetaCoV/YN2018B的发现意味着能够利用人类ACE2的SARSr-CoVs在云南省的中华菊头蝠中持续循环;(4)广西的犬蝠中发现的BtCs-BetaCoV/GX2018属于Nobecovirus亚属中的一支独立的进化谱系。本研究调查了我国西南地区四川、云南及广西三个省区代表性蝠种携带冠状病毒的情况,针对新鉴定出的冠状病毒的分析,为SARS-CoV起源于云南省的蝙蝠提供了更多证据,为PEDV的蝙蝠起源提供了新的线索,补充了疫病相关重点地区不同蝠种携带冠状病毒情况的基线数据,为应对潜在的新发突发传染病提供了本底水平的数据,有助于蝙蝠源性传染病的预警和溯源。