在我国农村经济社会改革、发展的过程中，围绕农村土地利用问题，农民和政府进行了多年的探索和实践，不断改革创新我国农村的基本土地制度。作为其中的重要内容之一，农村土地流转当下正是风生水起。但农村土地流转在实际运作过程中出现了诸多令人担忧的问题，比如农民权益保障问题。在农地流转中，中央政府耕地总量控制、保证粮食安全，发展农业生产、提高农民收益的总体目标设计是非常明确的，但地方政府的目标与中央政府存在差异，导致耕地不断流失、农民权益受损。本文基于机制设计理论的分析认为，之所以会出现这样的结果，是因为农地流转机制设计出了问题。当前的农地流转机制设计不满足参与性约束（农民真实显示其偏好）、激励相容和规制管制权威等条件，既不利于保证粮食安全，也难以保障农民权益。具体表现在：在政府主导的农地流转决策中，农民的真实偏好显示受阻；农地流转的激励机制不合理，利益分配不公导致流转结果偏离目标、农民权益受损；农地流转的约束机制存在问题，制度约束软化、行政约束缺位、社会约束缺失。为了保障农地流转中的农民权益，主要应该从三个方面探索构建起农地流转中的农民权益保障机制。一是通过健全农地流转的民主决策机制和规制农地流转决策中的政府行为，健全农地流转的决策机制，保障农民真实显示其偏好的权利；二是通过构建农地流转的市场价格形成机制和改革农地流转增值的利益分享机制，构建农地流转增值利益的合理分享机制，合理定价流转农地，合理增加农民的增值收益分成，转变政府获利方式；三是从健全农地流转中的制度约束、行政约束、社会约束三个方面健全农地流转的约束机制，规制农地流转中政府利用“裁判员”与“运动员”双重身份牟利的行为和违法违规行为。