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miRNA在动植物的生长，发育，衰老，代谢等方面发挥重要的调控作用。对miRNA的鉴定，生物发生，作用机制和功能已有大量研究。然而对其起源和进化规律的了解相对滞后。我们以植物miRNA为对象来研究这类调控基因的起源和进化。
在哺乳动物中已发现一部分miRNA来源于转座成分而植物中仍缺乏确凿证据。通过分析我们鉴定出了符合公认miRNA注释标准的转座成分来源的植物miRNA基因。同时发现转座成分一方面可形成miRNA基因，另一方面可整合进入蛋白质基因编码区形成靶基因。从而为miRNA与靶基因的进化选择提供来源。
对高度保守的MIR159/319家族分析，发现其大多数前体呈特殊的“两段保守”模式。其成熟产物的表达呈现进化分支特异性。当RDR2依赖的siRNA途径发生缺陷时会引起MIR159/319基因特定区段miRNA产物的高表达,表明植物中可能存在转录后调控miRNA表达的机制且与异染色质siRNA途径偶联。分析表明MIR159/319的加工可能从初始转录物直接加工产生成熟miR/miR*双体而无释放茎环结构前体一步。进化树重建表明MIR159/319家族在复制，丢失和分化的动态中形成进化分支特异的基因群体。我们的分析揭示了MIR159/319的进化历程及在表达和调控方面的分化特征，并提出了该基因家族分类系统的修改。
为了研究小分子RNA在自然生态环境中的适应性进化，以“进化谷”野生大麦为模型，对干热环境和温湿环境中进化百万年以上的野生大麦进行小分子RNA传统测序和高通量测序。鉴定得到30个新的野生大麦候选miRNA。初步比对分析揭示了包括miRNA在内的小分子RNA在相同物种的不同遗传群体中的巨大差异。