近年来,随着我国国民经济的发展,对外贸易额的不断增加,港口作为国际物流运输系统的关键环节,无论在基础设施建设方面,还是货物吞吐量上,都得到了长足的发展。但港口物流行业迅猛发展的同时,也存在着港口设施重复建设现象严重,港口物流企业缺乏先进的管理理念,业务附加值低,运营效率较低,运作成本居高不下等诸多问题,一定程度上阻碍了行业的长期可持续发展。因此,对港口物流企业运营效率进行研究分析能够发现其存在问题,为企业的经营管理优化提供借鉴和指导。现有文献,对物流企业的效率研究分析主要侧重于财务性指标,针对其经济性分析,所做研究不能够较为全面的反映港口物流企业的运营过程的整体特性。本文根据理论分析和港口物流企业的运营特征,从系统技术层面和企业经济效益层面建立港口物流企业运营效率的评价指标,并结合主成分分析法和DEA模型,构建本研究的整个评价体系,分析评价我国港口物流企业的运营效率。本文选取了我国11家港口物流上市企业作为本文样本,实证研究了它们2011年至2013年的技术效率、纯技术效率、规模效率,以及相应的投影值,分析发现其发展过程中存在的主要问题。研究结果表明：总体而言,我国港口物流企业运营效率偏低,综合技术效率有效的港口企业较少,且其综合技术效率的无效性更多的是由企业的规模效率无效引发的,其主要原因是大多数企业未能很好适应地腹地的发展状况,盲目地投资扩建；其次,我国大部分港口物流上市企业的运营效率呈下降趋势,这主要是由于我国经济增速放缓,社会需求不足,劳动力成本不断上升等整体不利形势所导致的,港口物流企业应提高其运营管理水平,充分发挥区位优势与自然优势,加强港口信息化和智能化建设,从而改善企业整体的运营效率；最后,各区域港口物流企业运营效率存在较大差异,泛珠三角地区优势明显。