本研究从山东省滨州市无棣县、甘肃省张掖市高台县、内蒙古自治区赤峰市、云南省大理白族自治州和玉溪市澄江县等地区采集了德州驴（DZ，75只）、凉州驴(LZ，49只)、华北驴（MG，30只）、西南驴(YN，55只)四个中国家驴品种的样本。　　 参考NCBI上公布的家驴的线粒体基因组序列，自行设计十对引物进行扩增，基于PCR-SSCP和DNA测序技术，检测了线粒体DNA编码区NADH脱氢酶第4亚基（ND4三个位点、ND4L一个位点、第5亚基（ND5）一个位点和第六亚基（ND6一个位点以及细胞色素b基因（Cytb）几乎全部序列（分为四个位点）。通过单链构象多态(SSCP)技术检测了上述位点的多态性，并对各位点的纯合子进行了克隆与测序。　　 在检测的十个位点中，有七个位点存在多态现象。对四个家驴品种的所有样本的七个位点都用Dnasp4.50.3进行了遗传多样性的分析。通过对NADH脱氢酶基因的三个位点按照ND4上游→ND4下游→ND5的顺序依次进行拼接，对这一拼接合并后的序列通过MEGA4.0进行系统发育关系研究，构建系统发育树，发现四个品种家驴群体可分为A和B两个母系起源。与以前的研究结果相似，本研究也发现所研究的中国家驴品种由两个世系构成，而且地理分布区域、母系起源与品种之间没有任何关系。经过Network4.5.0.2对拼接合并后的序列进行网络聚类分析，进一步证明了这一结果。通过对NADH基因拼接序列进行Tajima中性检验证明:研究的四个家驴品种的A、B两个世系都没有经历过群体扩张。对Cytb基因也采用相同的方法进行了处理，将四个位点各自分析后拼接成一较大的数据再进行单倍型多样性、核苷酸多样性、系统发育关系、网络聚类分析等分析处理，结果发现:所有的数据聚为两类，与索马里野驴和努比亚野驴的序列分别聚在一起，所研究的四个家驴品种的母系源头都是这两个世系混在一起共同构成的。对两个世系都进行了Tajima中性检验，发现二者都未发生过群体扩张。