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就黔桂珠江水系特殊的水文地质特征确定了35个样点,应用主成分分析、消拱对应分析等多元统计分析方法分析了黔桂珠江水系底栖硅藻群落组成、丰度与环境因子之间的关系,同时研究了底栖硅藻群落分布特征、优势种和生物多样性,并建立了底栖硅藻群落组成、分布与丰度和水体相关理化因子之间关系的转换函数模型。本研究共发现底栖硅藻2纲6目9科60属470种（包括亚种和变种）。各样点优势种各不相同,但普生种却大体相同。舟形藻属（Navicula）、菱形藻属（Nitzschia）和异极藻属（Gomphonema）为黔桂珠江水系优势种属。舟形藻属中Navicula parabilis数量最多,其次为Navicula cryptotenella;菱形藻属Nitzschiaamphibia和N.inconspicua及异极藻属中Gomphonema parvulum、G.pumilum在水体中出现的频率和丰度均较高;曲壳藻属中Achnanthidium biasolettiana var.subatomus、A.minutissimum出现频率最高,为优势种。理化环境变量对底栖硅藻组成具有显著影响,其中TP是影响底栖硅藻群落分布的最显著因子。通过进一步的加权平均分析建立硅藻与显著环境变量的转换函数模型,结果显示硅藻群落组成与TP的转换函数模型统计学上具有较好的预测能力(R2=0.654,RMSE=0.036;Rboot2=0.483;RMSEboot=0.048)。分析过程还使用加权平均最适值和耐受值确定和评价了TP的硅藻指示种,确定了57个硅藻种作为生物指示种,如Fragilaria vaucheriae,Achnanthidium convergens,A.lineare,Kolbesiasuchlandtii和Nitzschia frustulum是高TP指示种(>200μgL-1)以及Reimeria sinuata,Achnanthidium minutissimum var.scoticum,A.exile,Cymbella leptoceris,和Naviculacf.pseudokotdchyi作为低TP指示种(50-97μgL-1)。流速是影响底栖硅藻群落分布的第二显著因子。参考模型中使用的物种（至少76%）属于适应附着基质的属种。最显著的硅藻适应方式是其短的附着茎结构。Achnanthidium属是利用短茎结构附着环境的优势属（被选择种属的19%）,大多数种类最适流速为0.11至<0.5ms-1。研究样点中底栖硅藻丰度符合高斯分布,这种分布遵循中度干扰假说的原理,即物种丰度与多样性在适度的环境状况下将会达到最高。流速变化对硅藻丰度的影响也符合高斯分布。黔桂珠江水系典型岩溶水体中的水体离子、电导率与底栖硅藻群落分布的关系有一些特殊性,电导率的范围为20～2070μS·cm-1,并且Ca2+与(HCO3-+CO32-)是岩溶水体的主要优势离子。对离子、电导率与硅藻群落结构进行主成分分析、对应分析等分析,结果表明,水体离子与电导率都能用于解释底栖硅藻的群落分布特征;而Ca2+、(HCO3-+CO32-)和Na+浓度是影响物种组成的显著因素。此外,还确定了8种水体离子和电导率的相应指示种值（最适值Optima）,以及这些离子环境下的硅藻分布特征。重金属含量与底栖硅藻群落分布存在一定相关关系。砷（As）是影响底栖硅藻群落分布的显著因子。As与底栖硅藻群落组成的线性拟合函数模型为:Y=0.195+0.62X（P<0.01）。Achnanthes curtissima Carter、Achnanthes biasolettianavar.subatomus Lange-Bertalot等随着As、Cd浓度的增加其丰度增加。Achnanthidiummacrocephalum在As、Cu含量高的样点中相对丰度最大,因此其是耐受高浓度的As、Cu重金属污染的指示物种。在Pb含量较高的样点中,Gomphonema spp.、Gomphonema pumilum、Amphora montana的丰度较高,代表了Pb污染的河流指示种组合。通过相关分析和聚类分析确定了COND、Na+、Hg元素含量是影响底栖硅藻丰度的显著因子,通过曲线回归方法拟合COND、Na+、Hg元素与底栖硅藻丰度的函数方程(y=1.61-70.51t+1178.68t2-1533.68t3、y=8.55-0.14t+0.001t2-2.34×10-7t3和y=-7.82+5.72t-0.09t2),这为中国喀斯特区河流水质预测提供了参考依据,并为硅藻作为水质预警机制的研究提供了理论依据与科学依据。