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淹涝胁迫对水稻生产造成了严重的危害。本论文首先以耐淹涝能力不同的19份品种为材料，优化了水稻分蘖期耐淹能力的评价指标体系，并对19份材料进行了分蘖期耐淹能力评价。同时，比较研究了杂交稻与常规稻在不同淹涝强度处理后的生理生化变化。然后，以最耐淹材料和最敏感材料基础，应用mRNA差异显示技术，探讨耐淹基因的差异表达，并分离、克隆了差异基因。最后，以最耐淹材料和最敏感材料为亲本进行杂交，获得F1和F2代群体，进行了遗传学和SSR分子标记研究。主要研究结果如下： （1） 水稻分蘖期耐淹能力研究及不同淹涝强度对一些农艺性状的影响。结果表明：淹后叶片相对成活率和茎蘖耐淹能力评分可以作为评价水稻分蘖期耐淹能力的指标，19个品种可划分为耐淹、中性、敏感3种类型，确立了供试品种中最耐淹涝的材料是FR13A，最敏感的材料是IR39595-503-2-1-2。随着淹涝强度的增加，淹后株高一般表现出矮-高-矮的变化，始穗期推迟的幅度为：敏感品种＞中性品种＞耐淹品种，对产量性状的影响为：敏感品种＞中性品种＞耐淹品种。 （2） 在分蘖期对当前湖南省普遍栽培的16个杂交稻和常规稻品种进行不同淹涝强度处理后生理生化性状的比较研究。结果表明：从叶片相对成活率的高低来看，杂交稻的耐淹涝能力明显高于常规稻，随着淹涝天数的增加，杂交稻和常规稻的株高都呈现出低-高-低变化规律，杂交稻出现最高株高的天数在淹涝处理4天，常规稻出现在淹涝处理2天。随着淹涝天数的增加，杂交稻和常规稻的始穗期推迟的天数都增大，杂交稻推迟的天数幅度小于常规稻。随着淹涝天数的增加，有效穗、实粒数、千粒重、单株产量都降低，杂交稻下降的幅度小于常规稻。随着淹涝天数的增加，杂交稻相对电导率上升的幅度小于常规稻。杂交稻丙二醛含量呈逐步上升，常规稻为先升高后急剧降低的变化趋势。杂交稻脯氨酸含量上升的趋势大于常规稻。 （3） 运用mRNA差异显示技术（DDRT—PCR）对耐淹材料FR13A和敏感材料IR39595-503-2-1-2在淹涝胁迫下的基因差异表达状况进行分析。结果显示：从40对引物中共扩增出1428条片段，筛选到102条在耐淹涝材料和敏感材料间差异明显的