当我国企业认识到自主创新是掌握核心竞争力的必要途径后,越来越多的企业开展了自主创新项目。但是由于项目立项筛选及立项时机选择的不科学或决策方法的不适和,企业投入的资源不能得到更好的回报或错过最佳的立项时机,导致企业不能获得预期的竞争优势。本文的目的就是建立一种适合自主创新项目筛选与立项时机决策的模型。本文的研究首先是在分析企业自主创新项目及其评价特点的基础上,全面考察影响企业自主创新项目筛选的能力、技术、市场、风险因素,依照项目的发展阶段,应用数据包络分析方法构建项目筛选的三阶段输入-输出模型,最后得出备选项目的优劣排序。另外,本文在分析企业自主创新项目立项时机选择特点的基础上,深入考察创新项目的内外部环境,将期权理论中的风险中性投资组合引入自主创新项目的时机决策,建立起在顺应趋势、不延误时机的前提下,利润最大化的立项时机模型,弥补了传统时机决策方法的一些缺陷。