近年来，政府采购电子交易平台从无到有，发展迅速，但仍处于初级阶段，相应的内部控制规范还不完善。由此引发许多问题，诸如：缺乏专门的电子交易采购的法律准则；采购参与者素质不高；商品价格机制不科学；缺乏对供应商准入资格和诚信水平的考评制度；网络建设及安全性存在漏洞等。这些都会导致电子交易活动中出现违规操作、数据被窃或泄露、恶意破坏系统、采购人的权利遭到侵犯等情况。这些情况一旦发生，不仅扰乱了正常的电子交易采购秩序，损害了采购人和供应商等政府采购参与者的合法权益，更严重的会损坏政府形象，造成恶劣的社会影响。本文首先以系统科学的三大基本理论、COSO和COBIT信息化内控理论，以及电子商务相关理论作为理论支撑，分析目前我国政府采购电子交易内部控制存在的主要问题。再以政府采购电子交易的业务流程为出发点，分采购预算编制及审批、采购申请及审批、电子交易、采购验收及付款四个主要环节，分别确定每个业务环节的控制目标和潜在风险，根据业务特点对各个关键控制点采取不同的控制措施。在电子交易环节又特别按照采购的具体操作流程进行细致的划分，做到每步关键操作都有控制。使得内部控制更加贴合实际，更具操作性。其中对商品的价格控制、访问权限控制、供应商准入控制、供应商信息库的建立和维护控制、商品信息库的建立和维护控制、询价采购控制、电子反拍控制以及电子交易系统控制做了详细说明。然后，结合内部控制的关键控制点，建立政府采购电子交易内部控制评价指标体系。以采购四大主要环节作为一级指标，再将一级指标细化到二级和三级，并借助层次分析法给各级指标赋予权重。根据模糊综合评价理论，构建模糊综合评价模型，对各级指标进行定量计算和定性分析。通过对比分析找到内部控制的薄弱环节，从而对内部控制进行有针对性的加强和改进，达到反馈控制的效果。最后，利用PB、PD系统开发软件设计开发政府采购电子交易内部控制评价系统，将理论付诸实践，对电子交易的内部控制进行综合评价。监管部门和采购单位都可以通过对评价结果的横纵分析找到控制薄弱点和改进方向。