创新是区域综合实力和国际竞争力的源泉所在,是引领发展的第一动力。在我国经济社会发展步入新常态,各地区聚焦于新旧动能转换的背景下,创新日益受到国家和各级政府的高度重视。近年来,我国研发(R&D)经费支出连年增加,且持续保持高速增长态势。据《中国科技统计年鉴2017》,2016年我国R&D经费支出比上年增长10.6%,总量已达15676.75亿元,仅次于美国,居世界第二位。然而,在国家不断增加创新投入的同时,各地区创新活动却存在明显的空间差异,发展极不均衡。《2016年全国科技经费投入统计公报》显示,我国R&D经费支出主要集中在部分东部发达地区,其中江苏、广东、北京、山东、浙江、上海六省合计占全国的比重接近六成,而其他省份的R&D经费支出普遍较低。由此可见,我国创新投入存在巨大的区域“鸿沟”,创新活动向东部集聚,“沿海—内陆”分化加剧,区域创新效率差异明显。鉴于此,本文首先运用非径向的SBM-DEA模型,将“创新失败”因素作为非期望产出,重新测算考虑非期望产出的区域创新效率及其空间差异,并将测算结果与不考虑非期望产出的传统方法所得结果进行对比分析;其次,构建Tobit回归模型,从区域创新投入结构、区域联系紧密度和区域发展特征三个角度探讨区域创新效率的影响机理,进而探寻提升区域创新效率的路径;第三,运用GIS空间分析方法对区域创新效率的空间自相关、跃迁过程等进行实证分析,并进一步对空间差异的收敛性进行检验,以期从要素流动的动态视角探讨创新效率在空间的跃迁路径和收敛趋势。最后,依据实证研究结果提出政策建议,为区域创新协同发展的政策制定提供决策参考。所得主要研究结论有以下几点:(1)创新效率存在显著的区域差异,考虑“创新失败”下的区域创新效率明显低于不考虑非期望产出的测算结果,且两种情景下区域创新效率的差异十分明显。从测算结果上来看,考虑“创新失败”情景下的区域创新效率均值相比不考虑非期望产出的测算结果低10%-25%之间,说明我国创新过程中的“创新失败”会对区域创新效率产生影响,拉低创新效率水平,而传统的测量方法未将创新失败纳入创新的非期望产出,测量结果存在较大的误差,并不能真实反映我国的区域创新效率。(2)政府资助、金融支持对区域创新效率具有负向作用,说明这两种创新投入方式对企业自身创新投入产生了挤出效应,反而抑制了创新效率提升;产学研联系度、国内知识转移度、国际知识转移度对区域创新效率具有正向作用,说明协同创新、技术引进有利于知识的流动和获取,从而对区域创新效率的提升具有积极效应;此外,基础设施、地区经济发展程度、人均地区生产总值也都会对区域创新效率产生正向的影响,说明区域基础条件对区域创新效率具有重要作用。(3)我国区域创新效率存在显著的空间相关性,空间跃迁过程具有明显的路径依赖特征。在全域空间自相关中的分析结果表明,我国区域创新效率呈现出地理上的集聚趋势,与区域创新效率较高地区相邻接的地区也有较高的创新效率;局域自相关性分析结果表明,高效型集聚主要集中于东部沿海、环粤区域;低效型集聚则主要分布在西北区域及华中区域。空间跃迁过程分析表明发生迁移的省份多为从创新效率低集值区向高集值区转移,且这一迁移过程有着较为明显的路径依赖。(4)无论是从全国层面还是从东中西部区域层面,我国区域创新效率均表现出显著的。收敛和绝对β收敛。在未来的区域创新效率演变过程中,区域之间的创新效率绝对差异和增长率将逐渐趋同。加入控制变量后的条件β收敛检验表明,全国层面上促进创新效率收敛的重要因素是人力资本;促进东部地区创新效率收敛的重要因素是人力资本;促进中部地区创新效率收敛的重要因素是基础设施建设;促进西部地区创新效率收敛的重要因素是金融支持。