为实现区域协调发展,国家开始实施西部大开发战略,重庆作为长江中上游和西南地区的经济重镇,重庆港是重庆市经济社会发展的重要战略资源,在改善发展环境、优化经济布局、承接产业转移、加强与国际国内市场联系等方面发挥了重要作用。通过“十五”和“十一五”十年的发展,水路运输紧张状况得到总体缓解。“十二五”以及未来十年是重庆市全面建成小康社会的关键时期,也是充分发挥国家针对重庆系列政策、深化改革开放、加快转变经济发展方式的攻坚时期。面临着新形势、新要求重庆港水运经营主体结构又突显了新问题和新矛盾,应适时调整水运经营主体结构战略部署,引导市场健康、有序的持续发展。本文旨在通过对重庆水运经营主体进行调研分析,调查我国沿海和国外发达国家水运经营主体结构分析,针对重庆水运经营主体存在的问题和矛盾,提出合理的调整方案。本研究的主要结论为：①针对重庆港口企业普遍存在的物流水平落后、经营苦难和融资模式单一的问题,提出完善港口综合运输体系建设、改革港口建设的政府投资模式、鼓励和引导民间资本投资和经营港口码头、加强港口企业的供应链管理、规范港口经营秩序和整合港口资源、合理控制港口的建设进度和规模等调整方案可引导港口企业良性发展。②针对重庆航运企业经营单一、信息不畅和船舶动力结构不合理等问题,提出的航运企业经营主体调整方案,可以引导航运企业向集约化方向发展,实施市场多元化战略,推进航运企业信息化,优化运输船舶运力结构。③提出的维持高附加值运输企业及船舶准入门槛、提高干散货运输企业及船舶准入门槛和建立市场预警机制的调整方案,可有效的引导市场良性竞争。④鉴于重庆水运市场运力处于过剩状态,市场竞争激烈,提出的总运力调整、运力结构调整和提升标准化率措施,有利于市场的健康发展。⑤提出了驳船船队运输、干支直达和江海直达运输、水陆甩挂运输、“水转水”运输和无水港等新型运输方式。