2019-2020年广东省屠宰场生猪PRRSV调查及ORF5基因序列分析

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由繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Rrespiratory Syndrome Virus,PRRSV)感染引起的猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome,PRRS),以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为主要表现特征,是一种急性、高度传染性的病毒性传染病。作为《国家中长期动物疫病防治规划(2012—2020年)》优先防治病种,有效防控PRRS对生猪养殖业健康发展意义重大。本文通过调查广东省21个地市屠宰场猪群的PRRSV感染状况,分析病毒ORF5基因遗传变异情况,为科学制定PRRS防控措施提供依据。1、PRRSV检测试剂盒比较实验为更准确反映屠宰场猪只的真实感染情况,甄选适合的试剂盒,本实验对6个不同厂家生产的PRRSV通用型实时荧光RT-PCR检测试剂盒进行比较实验。利用PRRSV的核酸标准物和细胞分离毒株作为比对样品,本实验对各试剂盒的检测敏感性、特异性、重复性等指标进行评价。结果发现F公司试剂盒的Kappa值为0.97、变异系数在1%以内、Youden指数为0.91,表现较好,该试剂盒被应用于后续的PRRSV流行病学调查。2、2019-2020年广东省屠宰场PRRSV流行病学调查2019-2020年期间,本实验在广东省21个地市各选取至少2个屠宰场开展PRRSV流行病学调查,涉及屠宰场133个,每个屠宰场随机抽取10~25头健康上市生猪,共采集猪淋巴结样品2560份。应用实时荧光RT-PCR检测方法对屠宰场样品进行PRRSV美洲株和欧洲株核酸检测,结果显示:PRRSV总阳性率为13.91%(356/2560),其中美洲株和欧洲株分别为12.03%(308/2560)和2.58%(66/2560)。进一步对美洲株阳性样品进行PRRSV-NA(Nsp2 1594~1680变异株)、NADC30-like、JXA1-R等亚型的鉴定,各亚型占比如下:PRRSV-NA(Nsp2 1594~1680变异株)占比21.43%(66/308),疫苗株JXA1-R占比10.06%(31/308),NADC30-like占比0.65%(2/308)。总体而言,广东省生猪屠宰场猪群PRRSV带毒率较高,呈现以美洲型毒株为主,多种亚型毒株共存的复杂局面,同时还存在一定比例的欧洲型毒株感染。屠宰场淋巴结样品的病毒核酸拷贝数大多较低,说明病毒处在低水平感染的状态。3、PRRSV ORF5基因测序分析挑选上述PRRSV拷贝数较高的样品进行ORF5基因的扩增,获得15株ORF5序列,结果显示3株为欧洲型,12株为美洲型。美洲型又进一步分为5株Lineage8(Sublineage8.7)谱系毒株,3株Lineage3谱系毒株,2株Lineage1谱系毒株和2株Lineage5(Sublineage5.1)谱系毒株。根据核苷酸同源性分析,获得的3株欧洲型ORF5序列核苷酸同源性为90.2%~90.4%,12株美洲型ORF5序列核苷酸同源性为87.5%~99.6%;3株欧洲型毒株与LV毒株的核苷酸同源性为86.9%~88.2%,遗传变异较大。对获得的12株美洲型ORF5序列进行氨基酸比对分析,发现蛋白信号肽、中和表位和3个细胞表位区域存在较多变异,其中中和表位有5株毒株发生L39I突变,2株发生L39S突变,1株发生L39T突变。推测这些突变可能会对GP5蛋白的免疫原性造成影响,从而影响疫苗的免疫效果。另外,与毒力相关的第13和第151位氨基酸位点中,有9株毒株发生Q13R突变,有4株毒株发生R151K突变,这两种突变可能会对病毒毒力造成影响。综上所述,本研究通过对PRRSV荧光RT-PCR检测试剂盒的比较评价,甄选指标较优的试剂盒,为PRRS的病原学诊断试剂的选择及开展其它试剂盒的验证提供参考;通过对广东省生猪屠宰场进行PRRSV分子流行病学调查和ORF5基因测序分析,了解广东省猪群PRRSV的隐性带毒情况、毒株流行现状和病毒变异程度,为科学防控PRRS提供依据。
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