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随着植物基因序列分析技术的日新月异的发展和测序成本的不断降低,NCBI-EST数据库容量每年都以成几何倍数增长,不断推动着包括EST-SSR在内的各种分子标记技术在诸多植物中得到批量开发并实施相关研究。蒙古冰草是一种极耐旱的禾本科牧草,作为具有优良抗性基因的牧草,目前分子水平上有关遗传信息等研究相对较少,少数一些相关的报道也只停留在小麦的基因组学内,这在一定程度上制约了该种优良牧草的合理利用。本论文采用高通量测序技术,尽可能多的获得蒙古冰草转录本序列信息,并对其进行系统注释,鉴定转录本中的SSR位点,并筛选具有多态性的SSR,以期为蒙古冰草种质资源的研究利用以及新品种选育提供依据。其主要结果如下:(1)利用Illumina HiSeq高通量测序技术,在蒙古冰草叶片转录组中获得了24237250个高质量序列,将其拼装组成75367条非冗余基因片段,经系统评估结果显示,序列组装完整性较高,可满足后续分析。将全部Unigene与Nr、KEGG等8个数据库比对,其中得到37826(50.19%)个有注释信息的基因。(2)利用MISA工具,含有SSR位点的EST序列为3751条,共有4396个SSR位点,SSR发生频率为5.8%。在所有位点中,不考虑单核苷酸重复时,三核苷酸重复率最高,占68.44%;其次为二核苷酸重复,占比26.34%。两者中最为丰富的基元分别为CCG/CGG与AG/CT,占总基元数的41.09%。转录组SSR基序重复数从5到12次不等,其中串联重复数为5的位点数量最多,占总数的48.59%。这表明蒙古冰草的EST-SSR主要以二碱基和三碱基重复单元为主。(3)从筛选设计出的2396条EST-SSR引物中,随机挑选400对,对采集自不同地区的8个蒙古冰草材料进行PCR扩增,共有230对扩增出清晰条带的引物,扩增成功率为57.5%,其中扩增效果达到中度多态性的引物为57对。蒙古冰草遗传多样性较为丰富,PIC范围在0.262-0.657内,平均为0.441,且多态比率100%。(4)蒙古冰草单株材料的遗传一致度变幅水平居于0.5411-0.9415之间,均值为0.71。遗传一致度越接近1则亲缘关系越近,说明整体亲缘关系较近。(5)将筛选得到的多态性较好的57对引物,在冰草属的其他4个种中进行通用性分析。成功筛选出40对EST-SSR引物,在冰草属物种转移率为68.97%,这些引物可用于属内物种的遗传关系及其生态遗传学研究,具有较广泛的利用前景。