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流域水生态系统健康及评价研究对流域自然资源的可持续利用及区域生态环境建设都具有非常重要的意义。浮游细菌数量巨大，种类丰富，具有种类和群落结构、代谢类型、适应机制的多样性，在整个水域的物质循环中起着相当大的作用;浮游细菌的群落结构与水生态系统各环境因子间存在显著的响应关系，其数量和种类标志着水体的生态环境、营养水平及水体污染状况。因此，浮游细菌可以成为表征流域水生态系统健康及恢复力状态的有效指标。 本研究利用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction FragmentLength Polymorphism，T-RFLP)和荧光定量PCR等分子生物学方法，基于浮游细菌群落结构特征，首先建立了浮游细菌生物完整性指数（IBI，Biotic Integrity Index）评价方法，对滇池流域的69条入湖河流样点进行健康评价;其次，为了验证建立的浮游细菌生物完整性指数结果的可行性，将评价结果与三种常用健康评价方法——冰质综合污染指数、着生藻类生物完整性指数与多指标河流健康综合评价指数，进行比较;同时，结合浮游细菌功能基因荧光定量PCR数据，对基于浮游细菌的流域水生态系统恢复力评价方法进行了初步探索。 本研究的主要研究结果如下: (1)根据浮游细菌的T-RFLP数据及环境数据，建立了浮游细菌生物完整性指数评价体系，对全流域69个样点进行评价。结果表明，在69个评价样点中，健康样点为30个(43.5％)，一般样点34个(49.3％)，较差样点4个(5.8％)，极差样点1个(1.4％)。滇池流域健康状况的基本分布为:上游优于下游、滇池南部优于滇池北部。 (2)与水质综合污染指数、着生藻类生物完整性指数和多指标河流健康综合评价指数这三种已经在生态系统健康评价过程中运用较多的评价指数的比较结果表明:浮游细菌生物完整性指数在对样点健康状况的表征，以及对各类环境因子的响应方面，都达到、甚至优于这三类在当前研究中常用的健康评价方法。因此，可以认为本研究所建立的浮游细菌生物完整性指数评价方法是一种可行可靠的流域水生态系统健康评价方法，能有效地评价滇池流域水生态系统健康状况。 (3)基于水体浮游细菌功能基因丰度的恢复力评价探索结果表明，基于amoA基因绝对丰度与相对丰度的恢复力评价结果均与浮游细菌IBI健康评价结果存在出入。因此，在未来的恢复力评价研究工作中，还需综合考虑微生物降解活性、氮循环中的其他过程以及新型氮循环微生物的存在等因素，并结合模型模拟及实验模拟等手段，对恢复力情况进行科学的表征。