在南亚民族国家体系的建构过程中，巴基斯坦与印度和阿富汗这两个邻国都有根本性分歧。印巴之间存在克什米尔问题，巴阿之间则有普什图斯坦问题。巴阿一直不和，两国关系在七十年代末相当紧张。就在此时发生了苏军入侵阿富汗事件。这对巴基斯坦构成巨大的安全威胁。大批难民涌入巴基斯坦，对巴构成很大压力。巴极力敦促苏联撤军，引起苏阿强烈不满。在1980年，巴在对苏阿关系上以政治-外交斗争为主。这一战略在1981年发生改变，巴与美国在当年建立了战略合作关系。与此同时，政治解决阿富汗局势的努力也取得进展。在联合国秘书长特使的调停下，巴阿两国在1982年6月启动了持续近六年的日内瓦谈判。谈判进程在1983年中一度显现出极为积极的迹象，但并未取得突破。此后，日内瓦谈判长期陷入停顿，巴基斯坦与苏联的关系也持续紧张。巴阿边境持续出现越境空袭、炮击等严重事件。在阿富汗战场，苏阿与巴所支持的圣战者都加大了军事攻势。美巴合作也进一步强化。这些都令阿富汗局势进一步升级。　　 但苏巴关系也有和缓的一面，两国保持了较密切的经贸合作，苏在巴援建了一批工程，苏巴技术合作也得到深化。两国始终保持了领导人高层接触。1985年戈尔巴乔夫上台后，苏联逐渐调整对外政策，在阿富汗问题上表现出和解态度。这又进一步促成了日内瓦谈判加速进行。1988年4月，巴阿签署了日内瓦协议。苏联在1989年初正式撤出阿富汗。随后的苏巴关系虽有冲突，但总的趋势是逐渐回归正轨　　 在苏军入侵阿富汗后，巴基斯坦立即积极谋求美国的安全保障。由于两国在援助金额、是否签署安全条约的问题上分歧严重，美巴关系在1980年并未取得突破。1981年里根政府上台后，美巴关系大幅升温。两国签署了总额达32亿美元的六年援助协定。美国向巴销售了包括F-16战机在内的大批先进武器。这些都大大改善了巴基斯坦的安全处境。美巴在巴军政权还政于民问题和核问题上长期存在分歧。巴1985年大选大大缓和了两国在巴还政于民问题上的分歧，1988年底的大选更是基本消除了这一问题。但随着阿富汗局势的缓解，两国在核问题上的分歧日渐明显。美国在苏联撤军后已不愿继续容忍巴的核开发活动，这令美巴关系日渐疏远并逐渐陷入了新的危机。　　 巴在阿富汗战争中成功维护了俾路支省局势的总体稳定，并未给苏阿以可乘之机。巴较为成功地完成了救助在巴阿富汗难民的工作。但是，大批难民滞留巴基斯坦也导致了巴西部人口结构改变，生态退化，难民与当地人在发生经济竞争等问题。在阿富汗战争期间，巴开始出现较为严重的毒品问题、武器流散问题。这些都在后来成为对巴国家安全的重大威胁。