近年来,随着我国全面实施创新驱动的发展战略,全社会的科技投入持续增长,科学事业单位的经济资源总量也在不断增加。随之而来的与科研经费相关的违法案件层出不穷,为了保证科技资源的有效使用,需要加强科学事业单位内部控制,尤其是对财务的控制。2013年财政部印发了《行政事业单位内部控制规范(试行)》,我国科学事业单位是参照行政事业单位的“规范”,对内部控制进行框架性的指导。但是由于科学事业单位自身的性质、单位体制和科学事业单位会计核算制度等多重原因,以课题为主的科研活动组织方式,出现科技资源配置不合理,科研开发工作重复分散,资金使用效益不高等问题,加之国家财务管理的各项政策不断向精细化方向发展,使得优化科学事业单位内部控制体系建设,特别是财务方面的内部控制建设,成为单位健康良性发展的内在需要。本文是以科学事业单位财务内部控制为研究内容,具体以D所为研究对象,从D所财务控制的现状出发,找出D所在预算管理、收支管理、科研项目管理、固定资产管理等方面存在的问题及产生的原因。通过借鉴行政事业单位内部控制规范,对D所的财务控制进行优化,完善主要经济业务的制度和流程,明确岗位职责分工,严格把控关键风险点,实现对科学事业单位财务内部控制的优化。并提出以人才培养、制度完善和提高全员内控意识为实现对策的保障条件。本文通过对D所财务内部控制的研究和探讨提出了优化对策,对单位的各项管理制度进行梳理和再造,健全重点经济业务领域的内部控制规范,有效的解决了D所财务管理弱化、模糊和缺乏体系化等问题,提升了D所的内部控制水平,同时对我国科学事业单位内部控制的规范起到一定借鉴价值和现实指导意义。