基因组范围内的关联分析在研究人类复杂疾病相关基因的过程中起到了重要作用。它作为一种新的有效的方法越来越多的应用于人类复杂疾病相关基因的挖掘中。在基因组范围内基于单体型关联研究之后的一个挑战是：如何从那些包含着假的疾病表型和基因型关联的结果中选择那些真正的高风险的疾病相关区域。有研究表明，在某一特定的区域，疾病个体和正常个体的单体型相似性差异可以作为这一区域存在疾病相关位点的证据。 本研究中，提出了一个新的测度，度量疾病群体和正常群体在疾病位点附近的单体型相似性差异，并对基因组范围内基于单体型关联研究得到的风险单体型块进行排秩。利用模拟数据，证明了本文提出的测度能够捕捉到的疾病位点附近疾病群体的单体型平均相似性比对照群体的单体型平均相似性高这一现象，并且和单点关联分析，单体型聚类进行比较，本文的方法具有很高的效能。对于真实的酒精中毒数据，首先，进行基因组范围内基于单体型的关联研究，得到了113个风险的单体型块，78个单体型或者其附近区域被报道与酒精中毒相关。通过单体型定相，从进化的角度，利用本文提出的排秩测度从关联研究中选择高风险的单体型块，最后，得到65个高风险的单体型块，其中56个单体型块或其附近区域被报道与酒精中毒有关。 结果显示：本文提出的这种结合单体型及疾病本身的内在机制挖掘疾病相关单体型的方法，能明显提高疾病相关的单体型研究效果，使复杂疾病相关基因定位更加精细准确。