2011年“国家审计与国家治理”这一崭新命题由中华人民共和国审计署审计长刘家义首次提出,该命题进一步明确了国家审计的本质:是国家治理体系中重要的免疫系统,并以民主法治作为核心,进而推动国家的良好治理。2013年,党的十八届三中全会根据我国发展进入深水期的历史特点,将全面深化改革确定为未来党的阶段性任务,其中明确了此次改革的总目标包括两部分:推进国家治理体系的构建和完善,推进治理能力的现代化。在全面深化改革的进程中,国家审计作为国家治理体系中的重要组成内容,值得思考和研究的问题很多。财政预算执行作为国家治理的重要货币手段和预算实施的关键环节,其管理水平的高低,直接影响到党和国家各项重大政策能否落实,因而展开对预算执行的审计监督研究,将有力促进国家治理能力的提升和政府提供公共服务水平的质量。本文基于国家治理视角下的部门预算执行审计为研究出发点,采用文献研究与案例研究相结合的方法,通过国家治理与预算执行审计的理论分析,提出了以分析被审计单位受托责任为起点,以审计目标、审计内容和重点、审计实施方案、审计结果、审计建议之间的内生逻辑关系为路径的预算执行审计程序,为进一步规范及深化国家治理体系下的部门预算执行审计提供了新思路,进而发挥审计的“免疫功能”,推动国家治理。并以A市民政系统预算执行审计项目为研究对象,较为完整地呈现了预算执行审计从审计前调查到方案设计、执行,最终得到审计结果的全过程,将其嵌入到国家治理体系中,发现在该审计项目中仍旧存在着审计覆盖范围小,受托责任与审计目标啮合程度不高,审计结果与审计目标关联性差及审计时效性弱的问题。最终,本文认为预算执行审计要更好地服务于国家治理,应从以下几个方面着手:一是强化预算执行审计的治理导向;二是要注重整合审计资源,拓广审计覆盖面;三是提高审计报告质量,推动对审计内容的完整性披露。