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应用Gubler-Hoffman cDNA Library Construction技术，构建仿刺参cDNA文库。测试结果表明，库容量为2.010~6pfu/ml，利用PCR方法检测cDNA文库插入DNA片段的大小，其长度范围在0.5-4.1kb，插入片段平均长度为1.3kb，表明该文库达到建库要求，可用来筛选低丰度mRNA的基因克隆。随机挑选100个1kb以上的cDNA克隆进行测序分析，发现有26条EST序列和网上公布其它物种的序列相似性较高，这些基因与刺参能量代谢和蛋白水解相关。其中发现的几个重要基因，如编码遍在蛋白以及缬酪肽蛋白和组织酶L相关蛋白等，可能与仿刺参自溶过程的蛋白酶水解和细胞凋亡事件相关。另有74条EST序列相似性较低，推测可能是功能未知的新基因。组织蛋白酶L是一种嗜酸性溶酶体蛋白水解酶，广泛存在于人体各种正常组织细胞和肿瘤细胞中，它不仅参与生物体内各种蛋白水解，还参与许多重要的生命活动，如抗原呈递、肿瘤入侵和转移、骨质吸收、细胞凋亡等。研究表明，组织蛋白酶L和组织蛋白酶L相关蛋白是同一蛋白的不同亚基，组织蛋白酶L相关蛋白和组织蛋白酶L以对接形式存在，组织蛋白酶L相关蛋白对组织蛋白酶L的靶向作用和表达及其活性起着重要的作用。通过对刺参cDNA文库的部分筛选和序列分析，我们发现了一条组织蛋白酶L相关蛋白基因(GenBank：EU306878)。全长cDNA为1335bp,5’非编码区(UTR)91bp，3’UTR489b，开放阅读框长度756bp，编码251个氨基酸。为此我们提取刺参总RNA，通过RT-PCR和RACE PCR技术，从刺参(Stichopus japonicus)体壁中克隆得到全长的组织蛋白酶L基因(GenBank：EU143709)。其中全长cDNA1129bp，5’非编码区（UTR）202bp，3’UTR87bp，开放阅读框999bp，编码332个氨基酸（aa），包括成熟肽316aa和信号肽16aa。