建设以企业为主体的技术创新体系是我国创新驱动战略实施的关键,但一方面国家创新体系建设过程中存在系统失灵和市场失灵问题,另一方面我国企业自身的创新能力还比较弱,这就要求政府必须采取有效的方式支持和激励企业的技术创新。政府财政支持企业技术创新,主要有直接投入和税收优惠两种方式,政府不同的支持方式对企业会产生不同的影响。近年来,随着我国政府对企业技术创新支持的不断加大,如何选择合适的支持方式以使政府的财政科技投入发挥更大的效用是各级政府面临的问题。本文利用1996-2015年《中国高技术产业统计年鉴》数据,比较研究我国政府对企业不同投入方式的效果。论文首先阐述了政府对企业财政科技投入的理论基础,基于企业技术创新阶段的划分,分析了政府直接投入和税收优惠这两种投入方式的特点和作用,进一步考虑已有研究文献的不足,提出了本文比较分析的框架,给出了分析变量的选择。并进一步分析了近年来我国政府对企业财政科技投入、企业自身的研发投入和创新产出的发展趋势和现状。其次,论文采用VAR模型,一方面利用所有企业的数据,构建模型对比分析了政府直接投入和税收优惠两种方式对我国企业研发投入动态影响的机理;另一方面,利用不同规模企业、不同所有制性质企业和处于不同区域企业的数据分别构建模型,对比研究两种投入方式对不同规模企业、不同所有制性质企业和不同区域企业影响的差异性。再次,论文采用道格拉斯生产函数,既利用所有企业数据建模,分别对比分析了两种投入方式对企业创新专利产出和新产品销售收入产出的影响,又分别从企业规模、企业性质以及企业所在区域这三个角度,对比研究了政府两种投入方式对不同规模企业、不同所有制性质企业和不同区域企业的专利产出和新产品销售收入产出影响方式的差别。最后,总结了分析结论,提出相应的对策建议。