胃癌预后miRNA生物标志物的筛选及其生物学功能分析

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目的:本研究旨在从胃癌差异表达的mi RNA中挑选与生存密切相关的特定mi RNA作为预后生物标志物。方法:首先从癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Altas database,TCGA)获取394例胃癌患者的mi RNA-seq数据及相应的临床信息数据,使用R语言的edg R包筛选癌和癌旁组织之间差异表达的mi RNA,并使用q PCR验证分析的可靠性。随后使用Cox比例风险模型和有监督主成分分析方法,基于自我验证(随机分为两个亚组:训练集197例,测试集197例)的方法构建mi RNA的线性预后模型,根据计算出的预后得分将患者分为高风险组和低风险组,并使用时间依赖性ROC曲线来评估该模型的性能。最后,还预测了预后模型中mi RNA的靶基因并分析其生物学功能。结果:本研究共筛选出299个差异表达的mi RNA,包括219个上调的mi RNA和80个下调的mi RNA,对随机挑选的3个mi RNA(mi R-335-5p、has-mi R-21-5p、has-mi R-139-5p)进行q PCR验证的结果与差异表达分析结果具有一致性。构建了一个9-mi RNA(mi R-145、mi R-30a、mi R-549a、mi R-4746、mi R-708、mi R-5586、mi R-373、mi R-187、mi R-422a)组成的线性预后模型,Kaplan-Meier分析显示,与低风险组患者相比,高危组患者的总生存期(Overall Survival,OS)更差。该预后模型显示出对早期胃癌患者和化疗患者的良好预后价值,最重要的是这9-mi RNA是胃癌的独立预后因子。共预测到8856个靶基因,靶基因主要在MAPK信号通路、Wnt信号通路、Erb B信号通路、Adherens junction信号通路、TGF-β信号通路和m TOR信号通路等上富集。结论:1.9-mi RNA(mi R-145、mi R-30a、mi R-549a、mi R-4746、mi R-708、mi R-5586、mi R-373、mi R-187、mi R-422a)是胃癌潜在的预后生物标志物和独立预后因子。2.胃癌的发病机制可能与MAPK信号通路、Wnt信号通路、Erb B信号通路、Adherens junction信号通路、TGF-β信号通路和m TOR信号通路等相关。
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