2013、2014、2015年连续三年的中央一号文件都与农业息息相关，都着重强调鼓励促进农民专业合作社的规范化发展，旨在增强农村经济发展活力，加快农业现代化建设。2015年的《加快农业现代化建设意见》指出加快构建包括家庭农场、农民专业合作社在内的新型农业经营体系，努力提高农民的自治化程度，继续拓宽农民专业合作社的现有服务领域以及大力引导农民以土地经营权入股合作社。可见，合作社在这一政策的指导下定将具有无穷的发展潜力。我国的农民专业合作社与我国城镇化发展相一致，它的规范化发展可以将农村市场化过程中分散经营的小农联合起来,促使农村有限的自然资源得到合理的开发和利用，降低交易成本,规避市场风险，实现城乡统筹发展。对农民收入的提高，农村双层经营体系地完善具有重要的实践意义。但在我国农民专业合作社成立之初，由于还未制定、颁布正式的合作社法律规范，产生“先建社，后立法”的怪相，导致很多合作社出现治理结构不规范的法律问题。成员大会、理事会、监事会三会运行机制不健全，成员大会权力至上、一股独大；理事会、监事会未强制设立且缺乏激励与监督，权利滥用严重，权利施行困难重重。违背了合作社为成员谋利益，促进农业及农村发展的设立初衷。而完善的组织结构是农民专业合作社的运行基础，是决定合作社基本特征的基础性制度安排，是合作社规范发展的基础和前提。在此意义上，合作社治理结构现存法律问题亟待解决。基于此，笔者要从全方位的角度出发去研究和剖析这一现存难题。本文的正文主要由四部分构成。第一部分探讨了我国农民专业合作社的法理基础，首先介绍了合作社的概念、属性及合作社治理结构的法律内涵。随后又分别运用产权归属机制和盈余分配机制阐述了合作社治理结构的法律运行机制，分析了合作社内部组织机构之间的权利配置及相互制衡关系。第二部分主要分析了我国农民专业合作社治理结构的现行法律规定和存在的法律问题。在对法律现状及问题分析的基础上对问题的产生原因进行了归纳总结，一方面有合作社内部运行动力缺失、民主控制机制难运行及合作社规模、成员异质性的内部成因；另一方面还存在法律法规不健全、市场环境不成熟及管理体制不适应的外部成因。通过对产生问题的原因进行分析，我们可以更有效的对当前合作社治理结构所存在的问题找到根源，从而提出合理化建议。第三部分对发达国家农民合作社治理结构进行了分析、借鉴。分别介绍了美国新一代合作社、德国分权制的治理结构和日本的农业协同组合，在此基础上归纳了它们对我国合作社治理结构完善的有益启示。最后一章针对合作社治理结构现存问题提出了法律完善建议。笔者认为，首先应从成员大会、理事会及经理、监事会等治理结构的制度安排上加以完善，而后，在此基础上，完善合作社的内部运行机制，如，合理配置决策权、明确剩余索取权及建立完整的监督体系，以期它能更好地指导合作社实践。同时，合作社治理结构的完善只有内外兼治才能达到更佳的法律效果。因此，笔者在文章的最后又提出了合作社治理结构完善所需的健全的外部扶持制度和良好的市场环境、体制环境在内的外部治理机制方面的法律建议。