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随着生物技术的发展和应用,农作物育种已从传统育种时代进入分子育种时代,其核心是借助与重要功能基因紧密连锁的分子标记,开展有利基因的剪切和聚合,培育在产量、米质、抗性等多方面突破的超级稻新品种,尤其是对一些多基因控制的、易受环境影响的复杂性状,如稻米品质性状及其多基因的聚合,分子育种有着常规育种无法比拟的优势,分子育种还可在早世代进行准确、稳定的选择。分子育种技术的这种优势被越来越多地应用于农作物品种改良中。本研究通过对“日本晴/93-11”的重组自交系群体及其遗传图谱的构建,获得了144个株系包含125个分子标记的遗传图谱,并初步分析了部分分子标记在该遗传图谱中的偏分离状况；基于该遗传图谱的构建,通过对重组自交系群体各株系的稻米品质相关性状的检测,完成了“日本晴/93-11”的重组自交系群体稻米品质相关性状的QTL分析,在水稻5条染色体上共检测到6个与稻米蒸煮食味品质相关QTL,但各QTL的LOD值和贡献率均较小；借助其它作物在淀粉合成代谢中的研究成果,结合生物信息学研究手段,明确了水稻淀粉合成代谢网络模式及其参与的酶或同功酶,获得了参与水稻淀粉合成代谢的29个主要基因及其编码序列；根据Blast的结果,鉴定出18淀粉合成相关基因在93-11和日本晴基因组结构上的差异,并发展了以PCR技术为基础的检测标记；通过回交结合分子标记辅助选择,将日本晴的淀粉合成相关基因导入93-11,经过5次以93-11为轮回亲本的连续回交和分子标记辅助选择,形成了以93-11为背景的淀粉合成相关基因的近等基因系,以及多基因聚合的近等基因系,通过对置换系及近等基因系的稻米品质检测发现,导入日本晴的淀粉合成基因能改善93-11的稻米品质,总体上说,导入日本晴的基因越多的株系,其蒸煮食味品质也越好,如导入5个日本晴基因的株系,其品质要优于导入4个或3个日本晴基因的株系；但也有部分置换系材料的稻米品质指标却劣于93-11,这可能由于籼稻93-11中也存在一些能提高稻米品质的淀粉合成相关基因；而将之用于杂交稻的测配,则获得了如广占63S/R7275等系列优异组合。本研究利用业已完成序列测定的93-11和日本晴的基因组信息,结合生物信息学分析手段,并利用分子标记辅助选择和回交转育技术来改良稻米品质,显著提高了轮回亲本的稻米品质和育种改良的周期,选配获得了部分优异组合,为水稻品质改良提供了一条新途径。