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冠心病(CAD)是世界范围内致病率和致死率居首位的复杂性疾病,在我国每年死于CAD超过70万人。CAD是由于动脉粥样硬化(AS)引起血管狭窄、冠状动脉供血不足导致心肌功能障碍和器质性病变,该过程由遗传因素和环境因素共同导致。随着HapMap计划的发展和基因芯片高通量SNP分型平台的应用,全基因关联分析(GWAS)是目前CAD遗传分析的主要方法,自2007以来,以欧洲白种人群为研究对象,已经有超过7项独立的GWAS发现了数十个冠心病或心肌梗塞(MI)易感位点,其中只有少数位点如9p21.3能在其它种族得到验证,而中国汉族人群中冠心病GWAS尚未报道。本研究建立了稳定、持续收集的中国汉族人群心血管遗传资源库,从中选取了4583例冠心病患者(cases)和3470例正常对照(controls),完成了三阶段的全基因组关联分析。第一阶段包含两个发现群体(Dis-Hubei和Dis-Beijing),采用Affvmetrix Genome-Wide SNP 5.0 Array进行447,094 SNP扫描。选取两个群体中P均小于0.01且风险等位基因一致的9 SNPs,应用Taqman SNP分型技术在第二阶段验证群体(572cases vs 436 controls)和第三阶段(Rep-Shandong,811 cases vs 818contorl；Rep-Hubei, 1,012 cases vs 1,732 controls；Rep-North,845 cases vs 1,367 controls)进行验证,最终发现两个与冠心病相关的位点9p21.3(rs1333048)和6p24.1(rs6903956).Breslow-Day检测发现rs6903956在4个验证群体中对冠心病的发病风险没有差异显著性；在对其它危险因素进行校正后,在合并群体中(3240 cases vs 4353 controls),Padj=2.55×10-13. Odds Ratio=1.65。SNP rs6903956位于一个功能尚不清楚的基因c6orf105内部,该基因在心脏、胃、肾脏等人体组织器官和淋巴细胞、Hela等细胞中有表达：Real-time PCR结果显示SNPrs6903956风险等位基因A与c60rf105 mRNA表达量下降有关(study 1,P=4.00×10-3 study 2,P=3.56×10-4),这提示c6orf105表达量下降可能参与CAD发病过程,其具体分子机制有待进一步研究。综上,本研究通过全基因组关联分析发现了首次发现了与中国汉族人群冠心病发病显著相关的易感位点,这是我国冠心病研究领域一项重要进展,为国家开展冠心病防治奠定了基础。