河流是地球上受人类影响最为严重的生态系统。长江流域的天然生态环境良好，但是随着工农业的发展和城市化的建设，流域已受到严重的污染。在这一前提下，我们对长江流域干流水域生态建立指标评价体系，进行健康评价。水域生态指标体系的研究是生态学、环境学、水利科学研究的交叉点。本文分析了国内外对于河流生态健康评价以及指标体系的研究进展，通过总结美国、英国、澳大利亚、南非等国的河流健康状况评价，尝试从水环境状况、水生生物状况、河流形态结构、河流水文特征、河岸带状况五个方面全面表征长江流域干流水域生态健康状况。在指标体系方面，根据河流的自然特征，我们分长江河源、上游、中游、下游、河口段建立指标体系，在健康评价方面，根据人口活动密度，分城市江段、非城市江段、典型江段进行评价。文中还明确了健康长江的内涵；定义了健康要素：建立指标体系并设立5个一级指标和15个二级指标；建立评价模型；对每个指标分别赋予权重；确立健康评价标准。在此基础上，采用资料收集和现场实测相结合的办法，以湖北武汉江段、湖南彭泽江段、三峡万州江段为典型案例，对其水域生态健康状况进行评价，引申出长江干流水域生态健康状况。对试点展开研究得到的结果为：武汉江段和江西彭泽江段的健康状况为亚健康，水域生态面临的主要问题是江河连通性较差，珍稀水生生物生境较差，河岸带植被覆盖率较低，江段弯曲程度不高；三峡万州江段健康状况为健康，该江段仍保持与天然河流相近的状态，三峡工程对该江段水域生态影响程度暂未显现；长江水域的健康状况为亚健康。这些结论和我们认识的河流健康状况基本相符，研究结果表明，这套指标体系能较好地反映长江水域生态健康状况，这为下一步在长江干流上全面进行健康长江水域生态指标体系的探讨研究，提供技术支持。