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粤港澳大湾区的建设作为国家战略肩负着如何跨区优化整合资源并走出一条创新驱动发展新道路的重要任务。本文利用数据包络分析法与Malmquiet指数法测度分析粤港澳大湾区企业全要素生产率,与京津冀、长三角城市群企业进行对比。对于大湾区的重点行业选取财务侧指标进行因子分析并对三地企业得分进行比较,尝试探讨企业资源配置效率与其财务表现的互动相关关系。统计数据与实证结果表明粤港澳大湾区相对国内经济带具有创新及结构优势,比较国际三大湾区具有生产要素优势;大湾区的全要素生产率主要受困于规模效率,从事金融、地产与公共交通及事业的企业效率较高;大湾区企业Malmquist指数均值总体处于稳定,代表性行业湾区企业具有财务优势且在盈利能力与企业成长性上颇具竞争力。