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众所周知,蜱是一种寄生在动物体表的吸血寄生虫,是多种人畜共患传染病的重要传播媒介。蜱虫分类上属于动物界节肢动物门、蛛形纲、螨亚纲、寄螨目、蜱总科。全世界已经发现18个属897种,而中国已发现10属,119种。蜱可引起多种重要的自然疫源性疾病和人兽共患病,如Q热、发热伴血小板减少综合征、森林脑炎、出血热等。内罗毕羊病毒(Nairobi sheep disease virus)在分类上属于布尼亚病毒科。其主要传播媒介是蜱虫,对公众危害较为广泛,能够引发急性出血性胃肠炎,绵羊和山羊的死亡率高达90%。该病于1910年在肯尼亚的内罗毕附近首次发现,并在1917年确定其病原为内罗毕羊病毒。1994年首次报道发现人感染内罗毕羊病毒发病。内罗毕羊病主要发生在非洲东部的肯尼亚、乌干达、坦桑尼亚、埃塞尔比亚和索马里。目前,内罗毕羊病尚未在中国乃至东亚报道过,因此,对中国东北部内罗毕羊病毒(NSDV)进行鉴定及全基因组序列分析具有重要意义。基于目前东北地区蜱类分布不清、病毒本底尚不明确等因素,本研究在吉林省的集安、敬信、春化、南山、松林,黑龙江省的哈尔滨、呼玛和辽宁省的丹东等10余个县市进行了蜱类的采集。通过形态学鉴定,主要发现四个蜱虫物种,丰富的是长角血蜱属longicornis(84.8%),其次是矩头蝉属silvarum(7.2%),矩头蝉属nuttalli(5.5%)和Ixodes persulcatus(2.5%)。通过病毒宏基因组学分析,共获得26411条reads,进一步拼接得到平均长度为108碱基的18997条重叠序列。其中,动物性病毒科数量最多,占病毒序列总数的65%(7505/11547),包括:细小病毒科(Parvoviridae),黄病毒科(Flaviviridae),布尼亚病毒科(Bunyaviridae)等;植物性病毒占19%(2189/11547);噬菌体序列占16%(1853/11547)。本研究进一步对蜱组织进行裂解,采用RT-PCR手段再次对内罗毕羊病毒(NSDV)进行验证,结果得出吉林集安、敬信及辽宁丹东地区蜱虫均携带内罗毕羊病毒。通过以病毒宏基因组学分析数据及国内外NSDVs病毒序列为参考,本研究成功克隆了内罗毕羊病毒(NSDV)的全基因组。该序列与国外NCBI已收录的全基因组序列进行核苷酸同源性比较,基因片段序列比较显示:在核苷酸水平上相比于其他NSDVs同源性为75.1~89.6%之间,推导出氨基酸同源性在81.3~96.7%之间。相比于其他物种的成员NSDVs(Dugbe,Kupe,Hazara and Crimean Congo hemorrhagic fever viruses),同源性在37.5-68.6%之间。本研究在东亚地区首次证实了蜱传内罗毕羊病毒的存在。另外,基于对以上阳性地区蜱虫形态学鉴定,首次发现了长角血蜱可携带内罗毕羊病毒,同时为开展东北地区内罗毕羊病毒(NSDV)致病性及疫苗的研究奠定了良好的基础。